Browsing by Author "Salman, Hesham"

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    PublicationEmbargo
    Isolation of a new Tuber borchii strain and characterization of its transcriptomics and volatile compounds profile in vitro cultures
    (2024) Chuina Tomazeli, Emilia; Pisabarro de Lucas, Gerardo; Salman, Hesham; Ciencias de la Salud; Osasun Zientziak; Gobierno de Navarra / Nafarroako Gobernua
    Esta tesis doctoral describe el aislamiento, caracterización transcriptómica y compuestos volátiles de una nueva cepa de T. borchii obtenida a partir de un aislado natural. Establecer cultivos de trufas axénicas es una tarea desafiante y rara vez se logra. Sin embargo, tener acceso a diversas cepas es fundamental para avanzar en los estudios de biología molecular y establecer simbiosis micorrízica en estas especies. En este estudio, se realizó un análisis de transcriptoma del micelio vegetativo de T. borchii cultivado en diferentes sustratos en cultivos sumergidos. Nuestro objetivo no era comparar comportamientos en varios medios, sino establecer una comprensión fundamental del comportamiento de T. borchii en cultivos axénicos. En este contexto, la investigación se centró en genes que codifican enzimas integrales de las vías metabólicas centrales (que comprenden la glucólisis, el ciclo del TCA, el ciclo del glioxilato y la cadena respiratoria), genes afiliados a categorías de metabolitos secundarios y genes que gobiernan la generación de compuestos aromáticos volátiles. Además, realizamos un time course del crecimiento del micelio de T. borchii, identificando compuestos volátiles en diferentes tiempos y condiciones de cultivo. También se realizó una evaluación sensorial del micelio. La tesis también abarcó un segmento industrial, donde se probaron tecnologías para la conservación prolongada del micelio. Más allá de la delimitación de nuevas cepas, los análisis transcriptómicos insinúan que, incluso en condiciones aeróbicas con una expresión genética mínima vinculada a la cadena de transporte de electrones, T. borchii exhibe una mayor síntesis de alcohol deshidrogenasas y quinasas a nivel de sustrato. En particular, también se observó la expresión de genes de desintoxicación contra especies reactivas de oxígeno (ROS).
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    PublicationOpen Access
    Transcriptome metabolic characterization of tuber borchii SP1-A new spanish strain for in vitro studies of the bianchetto truffle
    (MDPI, 2023) Chuina Tomazeli, Emilia; Alfaro Sánchez, Manuel; Zambonelli, Alessandra; Garde Sagardoy, Edurne; Pérez Garrido, María Gumersinda; Jiménez Miguel, Idoia; Ramírez Nasto, Lucía; Salman, Hesham; Pisabarro de Lucas, Gerardo; Institute for Multidisciplinary Research in Applied Biology - IMAB
    Truffles are ascomycete hypogeous fungi belonging to the Tuberaceae family of the Pezizales order that grow in ectomycorrhizal symbiosis with tree roots, and they are known for their peculiar aromas and flavors. The axenic culture of truffle mycelium is problematic because it is not possible in many cases, and the growth rate is meager when it is possible. This limitation has prompted searching and characterizing new strains that can be handled in laboratory conditions for basic and applied studies. In this work, a new strain of Tuber borchii (strain SP1) was isolated and cultured, and its transcriptome was analyzed under different in vitro culture conditions. The results showed that the highest growth of T. borchii SP1 was obtained using maltose-enriched cultures made with soft-agar and in static submerged cultures made at 22 °C. We analyzed the transcriptome of this strain cultured in different media to establish a framework for future comparative studies, paying particular attention to the central metabolic pathways, principal secondary metabolite gene clusters, and the genes involved in producing volatile aromatic compounds (VOCs). The results showed a transcription signal for around 80% of the annotated genes. In contrast, most of the transcription effort was concentrated on a limited number of genes (20% of genes account for 80% of the transcription), and the transcription profile of the central metabolism genes was similar in the different conditions analyzed. The gene expression profile suggests that T. borchii uses fermentative rather than respiratory metabolism in these cultures, even in aerobic conditions. Finally, there was a reduced expression of genes belonging to secondary metabolite clusters, whereas there was a significative transcription of those involved in producing volatile aromatic compounds.