Trabajos Fin de Estudios - Ikasketen Amaierako Lanak
Permanent URI for this community
Browse
Browsing Trabajos Fin de Estudios - Ikasketen Amaierako Lanak by Degree "Bioteknologiako Graduatua Nafarroako Unibertsitate Publikoan"
Now showing 1 - 10 of 10
Results Per Page
Sort Options
Publication Embargo Captura de CO2 del aire mediante cultivo de Bacillus altitudinis en biorreactores(2024) Gómez Borobia, Miguel; Baztán Valencia, Fernando; Caballero Murillo, Primitivo; Escuela Técnica Superior de Ingeniería Agronómica y Biociencias; Nekazaritzako Ingeniaritzako eta Biozientzietako Goi Mailako Eskola TeknikoaEn este trabajo se sientan las bases para la creación de una empresa biotecnológica, cuyo objetivo es ofrecer al mundo soluciones altamente efectivas para luchar contra la contaminación del aire por CO2 y hacer frente a uno de los mayores desafíos de nuestro tiempo, el cambio climático. A lo largo del trabajo se detalla la tecnología en la que se basa la empresa, que consiste en el cultivo en biorreactor de una cepa de Bacillus altitudinis mejorada genéticamente para aumentar su tasa de fijación de CO2. El producto principal de la empresa consiste en un biorreactor de gran tamaño, en el que tendrá lugar el cultivo de la cepa de Bacillus altitudinis y que será colocado en lugares estratégicos, en los que haya un elevado nivel de CO2. El aire contaminado se hará pasar por el biorreactor a través del cultivo bacteriano, de forma que se captura el CO2 que contiene y el aire purificado se libera de nuevo al exterior. Por otro lado, se detallan los puntos clave en un proyecto de emprendimiento, como son, la descripción de la idea de negocio, la propuesta de valor, el estudio y delimitación de la oferta, así como, el análisis y comprensión de la demanda y la fijación de los segmentos objetivo.Publication Open Access Caracterización de las modificaciones postraduccionales a lo largo del eje olfatorio humano: fosforilaciones y acetilaciones.(2024) Martín Crespo, Eduardo; Santamaría Martínez, Enrique; Fernández Irigoyen, Joaquín; Escuela Técnica Superior de Ingeniería Agronómica y Biociencias; Nekazaritzako Ingeniaritzako eta Biozientzietako Goi Mailako Eskola TeknikoaAntecedentes. La pérdida de función olfativa es un síntoma temprano de enfermedades neurodegenerativas como el Alzheimer, afectando a regiones cerebrales del eje olfatorio como son el bulbo olfatorio, la corteza entorrinal, la amígdala y el hipocampo, donde se alteran varios procesos a nivel de proteínas. Por ello, la proteómica, junto con la fosfoproteómica y acetilómica, son herramientas muy útiles para el estudio de proteínas y sus modificaciones. No obstante, este tipo de análisis en estas áreas cerebrales aún son escasos, de ahí la necesidad de realizar estudios como el presente, para incrementar la información de la que se dispone. Métodos. Se aplicaron los protocolos de proteómica y fosfoproteómica a muestras de tejido cerebral post-mortem de las regiones mencionadas de un individuo sano, para identificar proteínas y sitios de fosforilación mediante cromatografía líquida acoplada a espectrometría de masas en tándem. Después, se realizó un análisis bioinformático de los datos. Por otro lado, se optimizó el kit “PTMScan® Acetyl-Lysine Motif [Ac-K]” para mejorar el enriquecimiento de péptidos acetilados tanto en células como tejidos cerebrales. Asimismo, a los extractos celulares, se les realizó un análisis fosfoproteómico para iniciar la puesta a punto de un protocolo que permita analizar de forma concatenada fosforilaciones y acetilaciones, para estudiar en el futuro la relación entre ellas. Resultados. Se identificaron un total de 2437 proteínas y 9091 sitios de fosforilación en las muestras de tejido post-mortem del paciente. Asimismo, se identificaron varios marcadores en estos tejidos sanos propios de individuos con neuropatologías, en los cuales están alterados, así como sus sitios de fosforilación. También se realizó un estudio de los receptores, los cuales son una poca proporción del total de proteínas, así como de las quinasas presentes, identificando algunas que se involucran en procesos neurodegenerativos. El análisis de elementos del interactoma de tau y tau fosforilada (P-tau) mostró la presencia de una elevada proporción de ellos, pero sin tau y P-tau. Además, hay una baja proporción de proteínas del líquido cefalorraquídeo que están presentes en las cuatro áreas de estudio. La optimización del protocolo de acetilaciones en células cerebrales obtuvo más péptidos acetilados empleando los tampones de lisis alternativos y el protocolo de digestión del laboratorio, mientras que en tejidos cerebrales se obtuvieron menos péptidos. El análisis del fosfoproteoma en los extractos celulares tras su enriquecimiento previo de acetilaciones también mostró baja recuperación de péptidos fosforilados. Conclusiones. El análisis del proteoma y fosfoproteoma en las regiones cerebrales estudiadas ha permitido obtener una amplia información sobre marcadores y su fosforilación, presentes en tejidos sanos, sirviendo como referencia para futuros estudios de mayor calibre. Por su parte, si bien se requieren de más pruebas de optimización del kit de acetilaciones, se ha podido establecer una base para próximos análisis de las acetilaciones en proteínas, así como de su relación con las fosforilaciones.Publication Embargo Desarrollo de materiales zeolíticos como alternativa a los agentes de clarificación utilizados en la elaboración de vinos blancos(2024) Castro Yurrita, Josu de; Gil Bravo, Antonio; Santamaría Arana, Leticia; Escuela Técnica Superior de Ingeniería Agronómica y Biociencias; Nekazaritzako Ingeniaritzako eta Biozientzietako Goi Mailako Eskola TeknikoaLos procesos de adsorción implican la adhesión de moléculas a la superficie de un adsorbente en una amplia gama de aplicaciones: separación y purificación de gases y líquidos, captura y liberación de fármacos, remediación de aguas residuales con contaminantes emergentes y clarificación de vinos blancos siendo estas dos últimas en las que el estudio se ha centrado. Para el tratamiento de aguas residuales el carbón activo es generalmente el compuesto más empleado mientras que para la clarificación de vinos blancos, la bentonita. Sin embargo, debido a ciertas limitaciones asociadas a estos adsorbentes, se han estudiado las zeolitas porque presentan varias ventajas frente a los métodos convencionales. El objetivo de este trabajo es identificar si las zeolitas son capaces tanto de adsorber contaminantes emergentes procedentes de compuestos farmacéuticos como de retener las proteínas que causan la turbidez en el vino blanco y, por ello, provocan inestabilidad proteica. El ácido gálico, el diclofenaco y el ácido salicílico fueron los contaminantes emergentes con los que se realizó la primera parte del estudio donde los adsorbentes empleados fueron el carbón activo y las zeolitas. En los experimentos se alteraron la concentración del contaminante y la cantidad de adsorbente. Por otro lado, en la segunda parte del estudio, la bentonita y las zeolitas se utilizaron con el propósito de clarificar vinos blancos. En particular se emplearon tres tipos de zeolitas microporosas con las que también se realizaron pruebas modificando la concentración de adsorbente/vino e incluso se calcinaron algunas de ellas.Publication Embargo Desarrollo de un método de detección de la proteína gigante Ebh en S. aureus(2024) Pérez Sierra, Yaiza; Lasa Uzcudun, Íñigo; Garmendia Antoñana, Nahiara; Escuela Técnica Superior de Ingeniería Agronómica y Biociencias; Nekazaritzako Ingeniaritzako eta Biozientzietako Goi Mailako Eskola TeknikoaStaphylococcus aureus es una bacteria gram positiva cuyos principales reservorios son los humanos y los animales. No obstante, S. aureus se ha convertido en uno de los principales patógenos en humanos capaz de producir infecciones muy diversas que van desde infecciones cutáneas hasta patologías clínicas graves como bacteriemia, neumonía, sepsis, osteomielitis o endocarditis. En la actualidad, una de las mayores preocupaciones es la gran facilidad que han demostrado estos estafilococos para desarrollar resistencia a muchos antibióticos. Por ello, hay un enorme interés en desarrollar nuevas terapias alternativas efectivas frente a las infecciones causadas por S. aureus. En este estudio nos vamos a centrar en Ebh, una proteína de gran tamaño y cuyo gen representa más del 1% del genoma de esta bacteria. La producción y secreción de esta proteína supone un elevado coste energético para la bacteria por lo que su presencia en la superficie celular debe ser sumamente importante para ella. Hay estudios que han probado la implicación de esta proteína en la adhesión celular, virulencia estafilocócica y, además, su papel es importante tanto en la resistencia a fármacos como en la resistencia al complemento. Al tratarse de una proteína tan grande, no es posible clonar el gen en un plásmido para expresar la proteína controlada o marcarla con una etiqueta. El objetivo de este estudio es añadir una etiqueta 3XFLAG a la proteína Ebh, que nos permita visualizar en qué condiciones se produce, activar o inhibir su presencia jugando con la presencia/ausencia de inductores, analizar cómo se distribuye en la superficie de la bacteria e identificar fenotipos asociados a su ausencia o sobreexpresión. Durante el trabajo hemos conseguido generar cepas recombinantes en los que la proteína Ebh incluye una etiqueta que permite su identificación con anticuerpos específicos para la etiqueta. En las cepas con los promotores inducibles la expresión de Ebh es dependiente de la presencia del inductor, pero en ausencia del inductor se detecta niveles residuales de proteína indicando que ambos promotores tienen escape. El análisis mediante microscopia de fluorescencia confirma la presencia de la proteína en la superficie de la bacteria. El análisis de las cepas que sobreexpresan Ebh respecto a la cepa salvaje que apenas lo expresa o a las cepas en ausencia de inductor, indica que la sobreproducción de Ebh reduce la velocidad de crecimiento mientras que la producción de una forma parcialmente delecionada de la proteína provoca una disminución en el tamaño de la bacteria. Las cepas construidas en este trabajo serán de gran utilidad para seguir investigando la función proteica de Ebh durante el proceso de infección de S. aureus.Publication Open Access Estudio de la dinámica de crecimiento en fases planctónica y biofilm de co-cultivos bacterianos de relevancia clínica en pacientes respiratorios crónicos(2024) Lopez Imas, Ander; Garmendia García, Juncal; Rapún Araiz, Beatriz; Escuela Técnica Superior de Ingeniería Agronómica y Biociencias; Nekazaritzako Ingeniaritzako eta Biozientzietako Goi Mailako Eskola TeknikoaLa Enfermedad Pulmonar Obstructiva Crónica (EPOC) es una afección respiratoria que se caracteriza por una obstrucción persistente del flujo de aire y está asociada a una alta mortalidad y morbilidad. Las exacerbaciones agudas, frecuentemente asociadas a infecciones bacterianas, son complicaciones comunes en la EPOC. Haemophilus influenzae y Streptococcus pneumoniae son dos patógenos habituales en estos casos. Además, patógenos periodontales como Fusobacterium nucleatum se alojan en los pulmones de estos pacientes respiratorios. Por su parte, H. influenzae es un patógeno oportunista que forma biopelículas, estructuras que protegen a las bacterias tanto de los antibióticos como del sistema inmunitario del huésped, dificultando su eliminación. Este Trabajo de Fin de Grado explora la interacción de H. influenzae con otros patógenos con los que convive en el pulmón de pacientes que sufren EPOC, así como el efecto de compuestos anti-biofilm en la formación y viabilidad de los mismos. Por una parte, se investigó el impacto del (E)-trans-2-nonenal, un análogo de cinamaldehído, en la inhibición de la formación de biopelículas de H. influenzae y F. nucleatum. Por otra parte, se analizó la dinámica de co-cultivos de H. influenzae con aislados clínicos de S. pneumoniae de serotipos emergentes en el actual contexto de vacunación anti-neumocócica. Finalmente, se exploró el diseño de estrategias de manipulación genética de F. nucleatum consistentes en la generación de cassettes de disrupción génica en un plásmido no replicativo, aplicado al diseño de herramientas de inactivación del gen que codifica una ornitina descarboxilasa en este patógeno periodontal, una enzima clave en el metabolismo de las poliaminas y la formación de biopelículas. En conjunto, este Trabajo de Fin de Grado ha generado información relevante sobre la dinámica de la interacción entre distintos patógenos con importancia clínica en pacientes respiratorios crónicos como es el caso de los pacientes que sufren EPOC.Publication Embargo Estudio de los mecanismos inmunosupresores en cáncer(2024) Andueza San Miguel, Ainhoa; Escors Murugarren, David; Escuela Técnica Superior de Ingeniería Agronómica y Biociencias; Nekazaritzako Ingeniaritzako eta Biozientzietako Goi Mailako Eskola TeknikoaLa inmunoterapia con bloqueadores de señalización por moléculas de control inmunitario PD-1/PD-L1 tiene como objetivo interferir con la señalización mediada por estas moléculas con el fin de potenciar y reactivar el sistema inmunitario y, así, obtener una inmunidad antitumoral. Sin embargo, algunos pacientes no responden frente a estas terapias. Esta resistencia se debe principalmente a la co-expresión de moléculas de control inmunitario adicionales, como LAG-3 en cáncer de pulmón no microcítico. Por ello, la generación de anticuerpos biespecíficos con capacidad de unión a dos dianas de forma simultánea resulta una terapia prometedora. La especificidad de unión dual permite el bloqueo simultáneo de dos vías de señalización diferentes, facilitando así la re-dirección de células inmunitarias a células tumorales. En el presente proyecto se ha generado un anticuerpo biespecífico contra los puntos de control inmunitario PD-1 y LAG-3 de ratón, con el fin de estudiar la expresión del mismo en diferentes líneas celulares. Para ello, en primer lugar, se ha diseñado y generado la construcción del anticuerpo biespecífico anti-PD-1 y anti-LAG-3 y se ha clonado en un vector de expresión lentiviral. A continuación, se han generado partículas lentivirales con la construcción mediante la transfección de células HEK 293T y se ha determinado el título por transducción de esta misma línea celular. Además, se ha establecido un sistema de visualización del anticuerpo biespecífico fusionado a GFP en las líneas celulares 3LL, MC38 y LACUN-3. Este proyecto es la base del estudio de la eficacia de los anticuerpos biespecíficos frente a las inmunoterapias actuales.Publication Embargo Estudio del potencial antioxidante en hortalizas asociado a la práctica de fertilización nitrogenada(2022) Amrani El Yaakoubi, Assma; Calleja Satrustegui, Aitziber; Ariz, Idoia; Escuela Técnica Superior de Ingeniería Agronómica y Biociencias; Nekazaritzako Ingeniaritzako eta Biozientzietako Goi Mailako Eskola TeknikoaLa fertilización nitrogenada basada en nitrato genera la acumulación de antinutrientes, nitrato y oxalato, en las hojas de hortalizas que al ser ingeridas perjudica nuestra salud. En contraposición, estas hortalizas presentan compuestos antioxidantes que suponen un beneficio para la salud. En este trabajo se pretende reemplazar el contenido de nitrato por amonio en la fertilización para reducir el contenido de antinutrientes en las hojas, así como aumentar la concentración de compuestos antioxidantes. De ahí que se estudió el contenido de oxalato, nitrato y capacidad antioxidante en borraja (Borago officinalis L.), espinaca (Spinacea oleracea L.) y rúcula (Eruca sativa Mill.) a diferentes ratios de fertilización NO3- /NH4+. Los resultados más relevantes mostraron una reducción de estos antinutrientes conforme bajaba la concentración de nitrato en la planta. En cuanto a los parámetros relativos a la capacidad antioxidante, cabe decir que no se obtuvieron resultados concluyentes.Publication Embargo Optimización de procedimientos técnicos de laboratorio para la obtención y comparación de perfiles genéticos en restos óseos antiguos(2024) García Díez, Angélica; Soret Lafraya, Beatriz; Escuela Técnica Superior de Ingeniería Agronómica y Biociencias; Nekazaritzako Ingeniaritzako eta Biozientzietako Goi Mailako Eskola TeknikoaA partir de la década de 1980, la genética forense ha cobrado un papel fundamental dentro del sistema judicial, convirtiéndose en una herramienta indispensable para la resolución de crímenes y disputas tanto en el ámbito civil como penal. Los avances en el conocimiento del genoma humano y del ADN mitocondrial han impulsado su aplicación en diferentes circunstancias que requieren de la identificación de personas, así como la capacitación de laboratorios especializados en el análisis de muestras biológicas (uñas, pelo, saliva, sangre, huesos o semen) de las que se desconoce de qué individuo proceden, denominadas “dubitadas”, y que provienen de escenas de un crimen, accidentes, etc. Estas muestras, se comparan con muestras de referencia o "indubitadas" para determinar su origen y, en última instancia, identificar a los individuos involucrados. En este trabajo se ha abordado la identificación de restos biológicos hallados en varias fosas comunes datadas en la guerra civil española. Para ello se han empleado técnicas como extracción de ADN, cuantificación por qPCR, amplificación y secuenciación; finalmente se hace referencia a la prueba de un Kit para la concentración del ADN a partir de diferentes matrices que resultó de poca utilidad para el tipo de muestras que se tratan en el laboratorio. Se analizaron un total de 60 muestras de varias fosas y se obtuvo la identificación de dos restos óseos de las fosas comunes de Berriozar (Navarra) y Farasdués (Zaragoza) correspondientes a víctimas de la guerra civil española, para lo que fue necesario contar con marcadores autosómicos y del cromosoma Y, constatando, además de la importancia de combinar diferentes tipos de marcadores, la indispensabilidad de contar con información de otras disciplinas como la historia y la antropología, ya que fue necesaria información sobre los restos, nombres y relaciones familiares de las personas que se encontraban enterradas.Publication Embargo Papel de la familia de transportadores de amino ácidos UMAMIT en la simbiosis leguminosa-rizobio(2024) Jordán Álvarez, Alba; Larrainzar Rodríguez, Estíbaliz; Escuela Técnica Superior de Ingeniería Agronómica y Biociencias; Nekazaritzako Ingeniaritzako eta Biozientzietako Goi Mailako Eskola TeknikoaLas leguminosas son plantas capaces de llevar a cabo la fijación biológica de nitrógeno, mediante el establecimiento de una simbiosis mutualista, con bacterias rizobio del suelo. Esta simbiosis, fundamental en ecosistemas y agricultura, requiere un intercambio de nutrientes entre la planta y la bacteria. Estudios transcriptómicos recientes han identificado varios genes de la familia de transportadores de aminoácidos UMAMIT cuya expresión se induce en las etapas iniciales de la simbiosis. Sin embargo, su contribución al establecimiento de esta simbiosis fijadora de nitrógeno no se ha estudiado en profundidad. El objetivo de este trabajo es evaluar el efecto del silenciamiento de varios de estos trasportadores de aminoácidos UMAMIT en la simbiosis leguminosa-rizobio. Para ello se han caracterizado plantas mutantes CRISPR-Cas9 de Medicago truncatula, que presentan el silenciamiento de tres de los genes UMAMIT inducidos simbióticamente, y se han comparado con plantas M. truncatula R108 como genotipo silvestre. Para el establecimiento de la simbiosis, las plantas se inocularon con dos cepas de rizobio con distinta capacidad fijadora de nitrógeno, Sinorhizobium meliloti y Sinorhizobium medicae. Tras la medida de parámetros fotosintéticos y del estado nitrogenado de la hoja, la fijación de nitrógeno y la biomasa de la planta, se han encontrado diferencias significativas entre las plantas mutantes y el genotipo silvestre. También se encontraron diferencias en el tamaño medio de los nódulos presentes en las raíces y una acumulación inusual de almidón en nódulos de plantas mutantes. Todas estas diferencias sugieren una deficiencia de nitrógeno en las plantas mutantes, demostrando así la importancia de la expresión de los genes de la familia UMAMIT en la simbiosis leguminosa-rizobio.Publication Open Access Transfección de células eucariotas mediante electroporación(2024) Otazu de la Casa, Efrén; Reina Arias, Ramsés; Escuela Técnica Superior de Ingeniería Agronómica y Biociencias; Nekazaritzako Ingeniaritzako eta Biozientzietako Goi Mailako Eskola TeknikoaLa transfección, o introducción de material genético en células eucariotas, es una estrategia emergente en el ámbito de la terapia génica con potencial terapéutico frente a una gran variedad de enfermedades genéticas, así como en la investigación o en la producción de compuestos bioactivos. El método más comúnmente empleado para transfectar células en cultivo es el químico (lipofección), aunque existen otras estrategias como los métodos físicos (electroporación) o biológicos (vectores) que pueden presentar ventajas cuando se emplean cultivos primarios, células quiescentes o procedentes de especies poco comunes en el ámbito de los reactivos de laboratorio. Estas limitaciones dificultan la investigación de dianas antivirales en especies como la ovina o caprina. En este TFG se han puesto a punto protocolos de electroporación para la transfección de cultivos primarios ovinos y de células 293-T ajustando parámetros electrofísicos, condiciones de cultivo celular y composición de los buffers de electroporación. Los resultados ponen de manifiesto la expresión de proteínas exógenas y su actividad biológica tanto en 293-T, mediante la expresión de IFN-γ e IL-4, como en fibroblastos ovinos a través de ensayos de actividad antiviral basados en proteínas APOBEC3. Además, se han producido con éxito vectores lentivirales para la expresión de proteínas exógenas. La mejora en los porcentajes de transfección tanto de células empaquetadoras 293-T como de cultivos primarios podría sentar la base para la producción de vectores lentivirales y la evaluación de otras dianas antivirales en especies de interés ganadero.