En este trabajo se analiza la evolución y situación actual del sistema de I+D en Navarra, con especial atención a los efectos de las políticas públicas en las actividades de innovación de las pymes industriales. El foco del estudio se centra en las actividades de cooperación con agentes externos, en tanto que indicador de un nivel de intensidad superior de actividades de innovación, así como en el papel de las ayudas públicas en el fomento de estas relaciones. El análisis se basa en las respuestas de 237 pymes industriales a la Encuesta de innovación del INE y en 34 entrevistas en profundidad con empresas y agentes tecnológicos y del entorno. En línea con la literatura reciente, el caso ilustra las limitaciones internas de las pymes, las dificultades para establecer relaciones de cooperación, así como las potencialidades del entorno institucional y cultural regional para superar estas barreras.