Open Access
Preservation of milk in liquid nitrogen during sample collection does not affect the RNA quality for RNA-seq analysis
(BMC, 2025-05-24) Jiménez Montenegro, Lucía; Alfonso Ruiz, Leopoldo; Soret Lafraya, Beatriz; Mendizábal Aizpuru, José Antonio; Urrutia Vera, Olaia; Agronomía, Biotecnología y Alimentación; Agronomia, Bioteknologia eta Elikadura; Institute on Innovation and Sustainable Development in Food Chain - ISFOOD; Universidad Pública de Navarra / Nafarroako Unibertsitate Publikoa; Gobierno de Navarra / Nafarroako Gobernua
Background. Standard procedures for milk sample collection for transcriptome analysis use ice as preservation method, which can afect the RNA stability and requires immediate sample processing. These problems would be eased if the milk samples could be snap-frozen in liquid nitrogen. This study describes the applicability of a new method for milk sample collection and subsequent RNA extraction from milk fat globules, determining whether the quality, integrity and quantity of the RNA extracts met the minimum requirements for downstream RNA-seq. Results. The quality of the extracts measured by A260/280 ratio and the Integrity and Quality (IQ) values obtained fulflled the reference values of 1.9 - 2.1 (P10.05) and failed to meet the RIN≥7 benchmark for RNA-seq (P>0.05). Milk fat globules contain low molecular-weight RNA fragments and minimal 18S and 28S rRNA, suggesting low RIN values were inherent to sample type. Likewise, the RNA concentration from milk fat globules were generally low (120.43±22.27 ng/µL, 102.87±15.64 ng/µL and 109.43±22.69 ng/µL, measured by Nanodrop, Qubit HS and QuanTI Ribogreen, respectively). Nevertheless, RNA-seq yielded 52.7 million paired-end reads per sample. The raw reads passed all quality control parameters having the same sequence-read lengths (151 bp), 100% base-coverage, 49% GC base content, and base quality scores of 36, enabling successful transcriptome profling. Moreover, milk proteins were identifed as the most abundant transcripts in MFG in the analysis of the most expressed genes, indicating that the sequenced reads would accurately refect the transcriptome of this milk fraction. Conclusions. Milk preservation in liquid nitrogen is a suitable sample collection method that overcomes the limitations of immediate sample processing required if ice is used. Thus, this procedure, together with the subsequent RNA isolation from milk fat globules and its sequencing by RNA-seq, would provide a practical and a non-invasive method for measuring the mammary epithelial cell transcriptome, improving the feasibility of conducting studies related to mammary gland and lactation physiology.
Open Access
Conversión de las explotaciones de vacuno de leche a la producción de leche A2 ante una posible demanda del mercado: posibilidades e implicaciones
(Asociación Interprofesional para el Desarrollo Agrario, 2019) Alfonso Ruiz, Leopoldo; Urrutia Vera, Olaia; Mendizábal Aizpuru, José Antonio; Institute on Innovation and Sustainable Development in Food Chain - ISFOOD
El mercado de la leche de vaca, tras la desaparición de las cuotas lácteas, está provocando una importante restructuración en el sector. Una de las alternativas que están desarrollando, fundamentalmente las pequeñas explotaciones familiares, es la diferenciación de sus productos. En ese contexto, ha aparecido un tipo diferenciado de leche conocida como leche A2. Esta se caracteriza por estar libre de la variante A1 de la proteína β-caseína que, debido a una mayor producción de β-casomorfina-7 tras la digestión, puede dar lugar a intolerancias y afecciones gastrointestinales. En este trabajo se analizan las posibilidades e implicaciones de una selección a favor de la β-caseína A2 en el caso concreto de las explotaciones familiares de Guipúzcoa. Los resultados obtenidos a partir de 1868 hembras genotipadas muestran que la frecuencia del alelo que codifica la proteína A2 es 0,55, y no se han encontrado asociaciones desfavorables entre el alelo A2 y el valor genético para caracteres productivos, funcionales y morfológicos, ni con otros genes ni haplotipos. Bajo esta situación de partida, y empleando exclusivamente toros A2A2, la utilización o no de semen sexado, junto con las diferentes ratios de reposición que se apliquen, determinarán el periodo y el coste económico de la conversión de los rebaños a la producción de leche A2. En un escenario de costes razonables esta se estima entre los 8 y los 15 años, pudiendo llegar a suponer a una explotación de 150 vacas unos costes de unos 6.000 y 1.000 €/año, respectivamente.

Urrutia Vera, Olaia

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