Análisis genómico y transcriptómico de genes capturados por helitrones en "Pleurotus ostreatus"
Fecha
2014Autor
Director
Versión
Acceso abierto / Sarbide irekia
Tipo
Trabajo Fin de Grado/Gradu Amaierako Lana
Impacto
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nodoi-noplumx
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Resumen
El creciente número de organismos eucariotas secuenciados permite estudiar la aparición de
elementos de transposición en gran cantidad de genomas. Dentro de los transposones de clase
II se encuentran los transposones de círculo rodante (también conocidos como helitrones), que
han sido descritos recientemente en plantas, animales y hongos utilizando herramientas
bioinformáticas. Los helitrones ...
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El creciente número de organismos eucariotas secuenciados permite estudiar la aparición de
elementos de transposición en gran cantidad de genomas. Dentro de los transposones de clase
II se encuentran los transposones de círculo rodante (también conocidos como helitrones), que
han sido descritos recientemente en plantas, animales y hongos utilizando herramientas
bioinformáticas. Los helitrones se caracterizan fundamentalmente por codificar una proteína
con un origen de replicación REP y un dominio helicasa PIF1 y por la capacidad de capturar
genes enteros o fragmentos de genes, incrementando su número y dispersándolos por el
genoma del huésped. En el genoma de P. ostreatus se han descrito dos familias de helitrones
denominadas HELPO1 y HELPO2, que contienen elementos potencialmente autónomos que
codifican helicasas RepHel, además de genes capturados de función desconocida. En este
trabajo hemos analizado el efecto de la dosis génica (número de copias) y el perfil
transcriptómico de estos helitrones portadores de genes utilizando PCR en tiempo real. Como
resultados presentamos un protocolo basado en la PCR a tiempo real para cuantificar el
número de copias de estos elementos en otras cepas monocarióticas de P. ostreatus de las que
no se dispone de secuencia genómica y que existe expresión de algunos genes capturados
cuya función aún no se conoce [--]
The increasing number of sequenced eukaryotic organisms allows to study the occurrence of
transposable elements (TE) in large amount of genomes. Within the class II transposons are
rolling-circle transposons (also known as helitrons), which have recently been described in
plants, animals and fungi using bioinformatic tools. Helitrons are mainly characterized by
encoding a protein with a repli ...
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The increasing number of sequenced eukaryotic organisms allows to study the occurrence of
transposable elements (TE) in large amount of genomes. Within the class II transposons are
rolling-circle transposons (also known as helitrons), which have recently been described in
plants, animals and fungi using bioinformatic tools. Helitrons are mainly characterized by
encoding a protein with a replication initiator Rep and a PIF1 helicase domain as well as by the
ability to capture whole genes or fragments of genes, increasing the number and spreading by
the host genome. Two families of helitrons have been described in the P. ostreatus genome,
called HELPO1 and HELPO2, which contain putative autonomous elements encoding RepHel
helicases besides captured genes of unknown function. In this work we have analyzed the effect
of the gene dosage (copy number) and the transcriptomic profile of these helitron captured genes
using real-time PCR. The results showed that it is possible to use this experimental method of
analysis by qPCR in other monokaryotic strains of P. ostreatus, whose genomic sequences are
not available and that there is expression of some captured genes whose function is not yet
known [--]
Materias
Helitrones,
Helicasa RepHel,
Genes capturados,
Pleurotus ostreatus,
Dosis génica,
Helitrons,
RepHel helicase,
Pleurotus ostreatus,
Gene dosage
Titulación
Graduado o Graduada en Ingeniería Agroalimentaria y del Medio Rural por la Universidad Pública de Navarra /
Nekazaritzako Elikagaien eta Landa Ingurunearen Ingeniaritzan graduatua Nafarroako Unibertsitate Publikoan