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Análisis genómico y transcriptómico de genes capturados por helitrones en "Pleurotus ostreatus"

El creciente número de organismos eucariotas secuenciados permite estudiar la aparición de elementos de transposición en gran cantidad de genomas. Dentro de los transposones de clase II se encuentran los transposones de círculo rodante (también conocidos como helitrones), que han sido descritos recientemente en plantas, animales y hongos utilizando herramientas bioinformáticas. Los helitrones se caracterizan fundamentalmente por codificar una proteína con un origen de replicación REP y un dominio helicasa PIF1 y por la capacidad de capturar genes enteros o fragmentos de genes, incrementando su número y dispersándolos por el genoma del huésped. En el genoma de P. ostreatus se han descrito dos familias de helitrones denominadas HELPO1 y HELPO2, que contienen elementos potencialmente autónomos que codifican helicasas RepHel, además de genes capturados de función desconocida. En este trabajo hemos analizado el efecto de la dosis génica (número de copias) y el perfil transcriptómico de estos helitrones portadores de genes utilizando PCR en tiempo real. Como resultados presentamos un protocolo basado en la PCR a tiempo real para cuantificar el número de copias de estos elementos en otras cepas monocarióticas de P. ostreatus de las que no se dispone de secuencia genómica y que existe expresión de algunos genes capturados cuya función aún no se conoce

The increasing number of sequenced eukaryotic organisms allows to study the occurrence of transposable elements (TE) in large amount of genomes. Within the class II transposons are rolling-circle transposons (also known as helitrons), which have recently been described in plants, animals and fungi using bioinformatic tools. Helitrons are mainly characterized by encoding a protein with a replication initiator Rep and a PIF1 helicase domain as well as by the ability to capture whole genes or fragments of genes, increasing the number and spreading by the host genome. Two families of helitrons have been described in the P. ostreatus genome, called HELPO1 and HELPO2, which contain putative autonomous elements encoding RepHel helicases besides captured genes of unknown function. In this work we have analyzed the effect of the gene dosage (copy number) and the transcriptomic profile of these helitron captured genes using real-time PCR. The results showed that it is possible to use this experimental method of analysis by qPCR in other monokaryotic strains of P. ostreatus, whose genomic sequences are not available and that there is expression of some captured genes whose function is not yet known