Optimización del análisis de datos proteómicos procedentes del espectrómetro de masas Triple TOF 5600

Abstract

Gracias a la infraestructura presente en la Unidad de Proteómica de Navarrabiomed en la que hay presentes máquinas como el espectrómetro de masas Triple TOF 5600 acoplado a un cromatógrafo líquido de alta resolución (HPLC), se han podido llevar a cabo los flujos de trabajo explicados en esta memoria. Los experimentos de proteómica realizados en esta unidad persiguen la identificación y cuantificación de proteínas entre dos o más condiciones experimentales y caracterizar aquellas que sean diferenciales en base a su cuantificación relativa. Esto permite por ejemplo cuantificar las diferencias entre sujetos sanos y sujetos con afecciones o ver las diferencias de expresión entre células estimuladas con un tratamiento y sin tratar. Además veremos cómo no todos los programas diseñados para el análisis de los datos obtenidos por estas técnicas se comportan igual y decidiremos cuales son más eficientes en nuestro caso concreto y para el espectrómetro de masas Triple TOF 5600. De igual modo propondremos flujos de análisis bioinformáticos para extraer la información contenida en los experimentos de tipo diferencial, ya sea con R o Python. La metodología desarrollada se utiliza hoy en día de manera rutinaria para analizar los datos de la Unidad de Proteómica y ha sido empleada con éxito en varias publicaciones científicas como son las presentes en el anexo 1.