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Utilidad de marcadores SNP en la mejora genética de poblaciones altoandinas de alpacas

La correcta asignación de las relaciones de parentesco de los animales es una parte fundamental de cualquier programa de mejora genética ya que permite mejorar la precisión de la evaluación genética y por tanto el progreso genético. En poblaciones donde predominan los sistemas extensivos la identificación de parentesco vía control genealógico de los apareamientos es difícil de implementar. Es el caso de las poblaciones de alpacas en sistemas de crianza alto-andinos. En estos casos la utilización de marcadores moleculares de ADN para la asignación de parentesco puede ser una útil herramienta. Los microsatélites han venido siendo los marcadores habitualmente recomendados y utilizados hasta el momento, pero en la actualidad se está valorando la posibilidad de utilizar polimorfismos de un único nucleótido (SNP). Por ello el objetivo del presente trabajo fue analizar las ventajas e inconvenientes de los marcadores SNP en la asignación de parentesco en poblaciones de alpacas. Para ello se realizaron simulaciones informáticas que permitieron determinar el poder de asignación de paternidad de los SNP (40, 60, 80 y 100) comparado con el de los microsatélites (10, 15, 20 y 25) en distintos escenarios, los cuales están basados en los sistemas de apareamiento (controlado, alternado y múltiple) de las alpacas. Los resultados del presente estudio indican que una asignación de paternidad casi perfecta se consigue utilizando paneles de 100 SNP y 25 microsatélites en los tres escenarios planteados. Por otro lado un panel de 40 SNP ha demostrado ser una herramienta comparable a un panel de 10 microsatélites (bajo las condiciones analizadas aproximadamente 3.9 SNP equivalieron a 1 microsatélite). De acuerdo a los resultados se concluye que los marcadores SNP serían una herramienta utilizable para paliar los problemas de asignación de parentesco que tienen los programas de mejora genética de alpacas.

The correct assignment of kinship of animals is a fundamental part of any breeding program because it improves the accuracy of genetic evaluation and hence genetic progress. In populations where extensive systems are usual the parental identification by genealogical control of mating is difficult to implement. This is the case of breeding systems of high-Andean alpaca populations. In these situations the use of DNA molecular markers for assigning parentage may be a useful tool. The microsatellites markers have been routinely being recommended and used so far, but now the possibility of using single nucleotide polymorphisms (SNPs) is being considered. Therefore the objective of this study was to analyse the advantages and disadvantages of SNP markers in the assignment of kinship in populations of alpacas. With this objective computer simulations were performed to estimate the power of SNP (40, 60, 80 and 100) in parentage assignment compared with microsatellites (10, 15, 20 and 25). Different scenarios were considered based on alpaca mating systems (controlled, alternate and multiple). The results of this study indicate that a near-perfect assignment of paternity is achieved using panels of 25 microsatellite and 100 SNP in the three scenarios analysed. In addition, a panel of 40 SNP has proven to be a tool comparable to a panel of 10 microsatellites (under the conditions analysed 3.9 SNP were approximately equivalent to 1 microsatellite). According to the results it is concluded that SNP markers would be a useful tool to reduce the problems of parental assignment in alpaca breeding programs.