Trabajos Fin de Grado ETSIA - NIGMET Gradu Amaierako Lanak
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Browsing Trabajos Fin de Grado ETSIA - NIGMET Gradu Amaierako Lanak by Author "Alfaro Sánchez, Manuel"
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Publication Embargo Exploración genómica para identificar mutaciones en plantas de la variedad Berués (Vitis vinifera L.)(2022) Espinal Martínez de Lizarrondo, Maider; Urrestarazu Vidart, Jorge; Alfaro Sánchez, Manuel; Escuela Técnica Superior de Ingeniería Agronómica y Biociencias; Nekazaritzako Ingeniaritzako eta Biozientzietako Goi Mailako Eskola TeknikoaLa variedad Berués (Vitis vinifera L.), la cual se creía extinta, fue recuperada en la zona periurbana de Pamplona en prospecciones recientes realizadas en esta zona. En este Trabajo Fin de Grado se siguieron los principios FAIR y se utilizó la plataforma Galaxy para conocer el nivel de variabilidad intravarietal existente en plantas de la variedad Berués a través de datos genómicos obtenidos mediante Next Generation Sequencing. En una primera fase del TFG, se usaron marcadores moleculares de tipo microsatélite en combinación con bases de datos públicas para confirmar la identidad varietal de las plantas antes de proceder a la secuenciación de su genoma. Posteriormente, y utilizando para ello datos genotípicos de 18 mil SNPs en casi 800 variedades, se estudió el posicionamiento de la variedad Berués en la estructura genética global de Vitis vinifera L. Se puso de manifiesto que dicha variedad no pertenecía de manera inequívoca a una población geográfica concreta, aunque muy posiblemente, esté relacionada con variedades de vinificación del Oeste de Europa. La exploración genómica realizada mediante la plataforma de acceso abierto Galaxy, logró identificar entre 10 y 14 millones de variantes entre las plantas secuenciadas y el genoma de referencia de la vid. Más de la mitad de las variantes identificadas eran de tipo SNP, y el resto, inserciones, deleciones y MNP (Multiple Nucleotide Polimorphisms). Además, se evaluaron los efectos y el impacto que producían las variantes identificadas. La mayoría de variantes se localizaron en regiones no codificantes (upstream, downstream y regiones intrónicas e intergénicas) y no suponían un alto impacto en el genoma. En torno a un 0,1 % de las variantes se clasificaron como de alto impacto, ya que modificaban secuencias codificantes y, por tanto, podían afectar a la estructura de algunas proteínas. El análisis intravarietal resultó en la identificación de 415.048 variantes comunes para las cinco muestras y multitud de variantes únicas que podrían estar detrás de diferencias fenotípicas concretas. En conjunto, los resultados obtenidos contribuirán a un mejor conocimiento de la variabilidad intravarietal existente en esta variedad.Publication Open Access Identificación y caracterización de hongos de interés para su uso industrial y, en especial, en la industria alimentaria mediante el uso de métodos moleculares(2016) Sánchez Escudero, Leyre; Pisabarro de Lucas, Gerardo; Alfaro Sánchez, Manuel; Escuela Técnica Superior de Ingenieros Agrónomos; Nekazaritza Ingeniarien Goi Mailako Eskola TeknikoaEl objetivo del presente trabajo fin de grado ha sido la identificación y caracterización de hongos silvestres de interés para su uso en la industria y, en especial, en la industria agroalimentaria mediante el uso de métodos moleculares. Para ello, se llevó a cabo el análisis comparativo de secuencias ITS (Espacio transcrito Interno). El uso de ITS es idóneo debido a varios factores: 1) Su tamaño (600-800 pb) los hace fáciles de amplificar con cebadores (primers) universales, 2) se pueden realizar muchas copias de la secuencia a partir de muestras de ADN diluido o degradado y, además, 3) es una región muy variable entre hongos morfológicamente similares, lo que permite diferenciar incluso entre especies. En este trabajo fin de grado se consiguieron aislar e identificar las cepas de hongos: Trichoderma polysporum, Arthrinium spp., Nemania diffusa, Fusarium spp., Fusarium avenaceum y Pleurotus sapidus. Estas cepas tienen gran interés biotecnológico y ahora están disponibles para su estudio por parte de la comunidad científica y para una posible explotación a escala industrial en el futuro. Además, este trabajo contribuye a preservar la biodiversidad microbiana añadiendo cepas a la colección de hongos del Grupo de Genética y Microbiología.Publication Embargo Sistematización de la búsqueda de hiperparámetros en Trimmomatic a través de la optimización bayesiana(2023) García Amez, Mikel; Urrestarazu Vidart, Jorge; Alfaro Sánchez, Manuel; Escuela Técnica Superior de Ingeniería Agronómica y Biociencias; Nekazaritzako Ingeniaritzako eta Biozientzietako Goi Mailako Eskola TeknikoaEn la última década, los avances en la tecnología de secuenciación de datos genéticos, como la Secuenciación de Nueva Generación (NGS) de Illumina, han revolucionado la genómica al aumentar la velocidad y reducir los costos de secuenciación. Sin embargo, la optimización de los hiperparámetros en programas como Trimmomatic aún no se ha implementado de manera extensiva. En este trabajo, se propone un algoritmo de optimización bayesiana para ajustar los hiperparámetros "slidingWindow" y "QualityThreshold", buscando mejorar la calidad y eficiencia del filtrado de datos NGS, utilizando un enfoque que ha demostrado ser efectivo en otros campos de la genética, ofreciendo la posibilidad de obtener configuraciones óptimas sin incurrir en altos costos computacionales. Se desarrolló una interfaz en Python que simplifica la configuración de parámetros y mejora la interacción de los usuarios con Trimmomatic. Esta interfaz fue utilizada para comunicar Trimmomatic con SMAC, un módulo de Python que implementa varias técnicas de optimización bayesiana. Los resultados obtenidos en este trabajo muestran como la optimización bayesiana supone una herramienta eficaz para resolver estos problemas de manera eficiente. Además, se introdujo una visualización que representa las variables de entrada y su relación con la calidad media de salida, lo que facilita la comprensión de los resultados. La validación de los resultados resaltó la importancia de equilibrar la mejora de la calidad con otros criterios para evitar sesgos en la eliminación de lecturas.