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Publication Open Access Adipose tissue modification through feeding strategies and their implication on adipogenesis and adipose tissue metabolism in ruminants(MDPI, 2020) Urrutia Vera, Olaia; Mendizábal Aizpuru, José Antonio; Alfonso Ruiz, Leopoldo; Soret Lafraya, Beatriz; Insausti Barrenetxea, Kizkitza; Arana Navarro, Ana; Agronomia, Bioteknologia eta Elikadura; Institute on Innovation and Sustainable Development in Food Chain - ISFOOD; Agronomía, Biotecnología y Alimentación; Universidad Pública de Navarra / Nafarroako Unibertsitate PublikoaDietary recommendations by health authorities have been advising of the importance of diminishing saturated fatty acids (SFA) consumption and replacing them by polyunsaturated fatty acids (PUFA), particularly omega-3. Therefore, there have been efforts to enhance food fatty acid profiles, helping them to meet human nutritional recommendations. Ruminant meat is the major dietary conjugated linoleic acid (CLA) source, but it also contains SFA at relatively high proportions, deriving from ruminal biohydrogenation of PUFA. Additionally, lipid metabolism in ruminants may differ from other species. Recent research has aimed to modify the fatty acid profile of meat, and other animal products. This review summarizes dietary strategies based on the n-3 PUFA supplementation of ruminant diets and their effects on meat fatty acid composition. Additionally, the role of n-3 PUFA in adipose tissue (AT) development and in the expression of key genes involved in adipogenesis and lipid metabolism is discussed. It has been demonstrated that linseed supplementation leads to an increase in alpha-linolenic acid (ALA) and eicosapentaenoic acid (EPA), but not in docosahexaenoic acid (DHA), whilst fish oil and algae increase DHA content. Dietary PUFA can alter AT adiposity and modulate lipid metabolism genes expression, although further research is required to clarify the underlying mechanism.Publication Open Access Conversión de las explotaciones de vacuno de leche a la producción de leche A2 ante una posible demanda del mercado: posibilidades e implicaciones(Asociación Interprofesional para el Desarrollo Agrario, 2019) Alfonso Ruiz, Leopoldo; Urrutia Vera, Olaia; Mendizábal Aizpuru, José Antonio; Institute on Innovation and Sustainable Development in Food Chain - ISFOODEl mercado de la leche de vaca, tras la desaparición de las cuotas lácteas, está provocando una importante restructuración en el sector. Una de las alternativas que están desarrollando, fundamentalmente las pequeñas explotaciones familiares, es la diferenciación de sus productos. En ese contexto, ha aparecido un tipo diferenciado de leche conocida como leche A2. Esta se caracteriza por estar libre de la variante A1 de la proteína β-caseína que, debido a una mayor producción de β-casomorfina-7 tras la digestión, puede dar lugar a intolerancias y afecciones gastrointestinales. En este trabajo se analizan las posibilidades e implicaciones de una selección a favor de la β-caseína A2 en el caso concreto de las explotaciones familiares de Guipúzcoa. Los resultados obtenidos a partir de 1868 hembras genotipadas muestran que la frecuencia del alelo que codifica la proteína A2 es 0,55, y no se han encontrado asociaciones desfavorables entre el alelo A2 y el valor genético para caracteres productivos, funcionales y morfológicos, ni con otros genes ni haplotipos. Bajo esta situación de partida, y empleando exclusivamente toros A2A2, la utilización o no de semen sexado, junto con las diferentes ratios de reposición que se apliquen, determinarán el periodo y el coste económico de la conversión de los rebaños a la producción de leche A2. En un escenario de costes razonables esta se estima entre los 8 y los 15 años, pudiendo llegar a suponer a una explotación de 150 vacas unos costes de unos 6.000 y 1.000 €/año, respectivamente.Publication Open Access Desarrollo de un método rápido basado en la PCR a tiempo real para recuento de Escherichia coli en leche cruda(2017) Pérez de Ciriza López, Alma; Arana Navarro, Ana; Urrutia Vera, Olaia; Escuela Técnica Superior de Ingenieros Agrónomos; Nekazaritza Ingeniarien Goi Mailako Eskola TeknikoaEl hábitat natural de Escherichia coli es el tracto intestinal de humanos y animales y su presencia en un alimento indica generalmente una contaminación de origen fecal. Esta bacteria es un microorganismo marcador clásico de calidad higiénica y presencia de patógenos productos lácteos o el agua. Para la industria agroalimentaria es de interés desarrollar métodos rápidos, seguros y económicos para la detección de microorganismos marcadores como E. coli. La utilización de metodologías basadas en el análisis del ADN empleando la PCR a tiempo real (qPCR) permite en pocas horas realizar el recuento de microorganismos con alta sensibilidad y especificidad. El presente estudio tuvo como objetivo estandarizar una técnica de qPCR con sonda TaqMan para el recuento de E. coli en leche cruda. Se diseñaron cebadores para amplificar un fragmento del gen uidA, presente en el 97% de las cepas de E. coli. Se optimizó la qPCR para el recuento de E. coli en cultivo puro (curvas de calibración celular) y se evaluó la técnica en muestras de leche inoculadas experimentalmente (curva de calibración en leche). El límite de cuantificación alcanzado fue de 7,3 x 102 u.f.c/mL, lo que se corresponde con 108 copias del genoma de E. coli en la reacción de qPCR, que mostró valores de eficiencia cercanos al 100% y un valor de Ct de 31,38 ± 0,01. Además, los valores del coeficiente de variación obtenidos en los estudios de repetibilidad (0,91%) y reproducibilidad (0,74%) del método fueron bajos, lo que demuestra la adecuada precisión del método.Publication Open Access Detection of minced lamb and beef fraud using NIR spectroscopy(Elsevier, 2019) López Maestresalas, Ainara; Insausti Barrenetxea, Kizkitza; Jarén Ceballos, Carmen; Pérez Roncal, Claudia; Urrutia Vera, Olaia; Beriain Apesteguía, María José; Arazuri Garín, Silvia; Ingeniaritza; Agronomia, Bioteknologia eta Elikadura; Institute on Innovation and Sustainable Development in Food Chain - ISFOOD; Ingeniería; Agronomía, Biotecnología y Alimentación; Universidad Pública de Navarra / Nafarroako Unibertsitate PublikoaThe aim of this work was to investigate the feasibility of near-infrared spectroscopy (NIRS), combined with chemometric techniques, to detect fraud in minced lamb and beef mixed with other types of meats. For this, 40 samples of pure lamb and 30 samples of pure beef along with 160 samples of mixed lamb and 156 samples of mixed beef at different levels: 1-2-5-10% (w/w) were prepared and analyzed. Spectral data were pre-processed using different techniques and explored by a Principal Component Analysis (PCA) to find out differences among pure and mixed samples. Moreover, a PLS-DA was carried out for each type of meat mixture. Classification results between 78.95 and 100% were achieved for the validation sets. Better rates of classification were obtained for samples mixed with pork meat, meat of Lidia breed cattle and foal meat than for samples mixed with chicken in both lamb and beef. Additionally, the obtained results showed that this technology could be used for detection of minced beef fraud with meat of Lidia breed cattle and foal in a percentage equal or higher than 2 and 1%, respectively. Therefore, this study shows the potential of NIRS combined with PLS-DA to detect fraud in minced lamb and beef.Publication Open Access Development of a duplex qPCR assay with locked nucleic acid probes for A, B and E kappa-casein variants detection(Springer Nature, 2022) Jiménez Montenegro, Lucía; Mendizábal Aizpuru, José Antonio; Alfonso Ruiz, Leopoldo; Azparren Domínguez, Leire; Urrutia Vera, Olaia; Agronomía, Biotecnología y Alimentación; Agronomia, Bioteknologia eta Elikadura; Institute on Innovation and Sustainable Development in Food Chain - ISFOODMilk proteins determine important milk technological characteristics. Among caseins, Ƙ-casein has been correlated with fat and protein content and cheese yield. Fourteen Ƙ-caseins variants have been described but the alleles A, B and E are the most important ones due to their frequency and/or influence on the technological aptitudes of milk. Therefore, in the present study two different duplex qPCR assays with locked nucleic acid probes (for positions 13104 and 13124 of the Ƙ-casein gene) were developed for the detection of A, B and E variants. Firstly, DNA isolation method from milk somatic cells and hair was optimised. The developed 13124-qPCR assay showed an increased sensitivity reaching up to 6.7 copies DNA copies/reaction at a 95% confidence level with A, B and E alleles reference samples. The 13104-qPCR assay reached up to 6.7 DNA copies/reaction for A allele reference sample and 67 DNA copies/reaction for B and E samples. Intra-assay variation results were below 6%. Applicability was determined using DNA samples from animals with known genotype for Ƙ-casein (AA, AB, BB, BE, AE, EE) and both assays were able to discriminate among the six genotypes with 100% accuracy. Thus, this qPCR method represents a sensitive and rapid option for the detection of Ƙ-casein alleles in both hair and milk samples.Publication Open Access Efecto de la dieta en el nivel de expresión génica de las enzimas Acetil-Coa Carboxilasa, Lipoprotein Lipasa y Estearoil-Coa Desaturasa, enzimas lipogénicas implicadas en la síntesis y acumulación de ácidos grasos insaturados en el depósito subcutáneo de ovino(2010) Urrutia Vera, Olaia; Arana Navarro, Ana; Escuela Técnica Superior de Ingenieros Agrónomos; Nekazaritza Ingeniarien Goi Mailako Eskola Teknikoa; Producción Agraria; Nekazaritza EkoizpenaEl objetivo del trabajo fin de carrera realizado es el de estudiar el efecto de la dieta en el nivel de expresión génica de varias enzimas lipogénicas implicadas en la síntesis de ácidos grasos insaturados en el deposito subcutáneo de ovino. El trabajo se ha realizado utilizando 36 corderos ternascos, provenientes de la explotación experimental de ovino de carne “El Serrón” del ITGG en Valtierra, divididos en tres lotes de 12 animales que recibieron tres dietas diferentes en función de su composición en lino; lote control (0% lino), lote 5% (5% de lino) y lote 10% (10% de lino). Los corderos presentaron diferencias en la composición de ácidos grasos del tejido subcutáneo como consecuencia de la inclusión del lino y aquellos que ingirieron lino en la racion presentaron mayor cantidad en la composición de ácido linolénico, ácido vaccénico y del C18:2n6t9t12 y el total de ácidos grasos omega 3. Los genes, cuya expresión génica se ha analizado, han sido: la Acetil-CoA Carboxilasa (ACC), Lipoprotein Lipasa (LPL) y la Estearoil-CoA Desaturasa (SCoAD). La metodología a utilizar consiste en la cuantificación de la expresión génica de las enzimas Acetil-CoA Carboxilasa (ACC), Lipoprotein Lipasa (LPL) y Estearoil-CoA Desaturasa (SCD) mediante la técnica de PCR a tiempo real utilizando el método comparativo de Ct’s, siendo la β actina el gen endógeno. Los resultados de este trabajo indican que la inclusión de lino en un 10% en la dieta de los corderos disminuye la expresión génica de la enzima relacionada con la síntesis de novo de ácidos grasos, la Acetil-CoA Carboxilasa. Además, el lino en la dieta, tanto al 5% como al 10%, incrementa la expresión génica de la enzima Lipoprotein Lipasa, enzima encargada de la captación desde la sangre de los ácidos grasos provenientes de la dieta. Por último, los corderos que ingirieron lino al 10% vieron disminuida la expresión génica de la enzima Estearoil-CoA Desaturasa. Teniendo en cuenta estos resultados, podría indicar que las dietas ricas en ácidos grasos poliinsaturados de cadena larga además de aumentar la incorporación de ácidos grasos provenientes de la alimentación, disminuyen la síntesis de novo y la desaturación. Por lo que sería conveniente tener en cuenta estos efectos en el momento de diseñar las dietas a suministrar a los corderos con objeto de modificar determinados ácidos grasos en la carne y grasa de éstos.Publication Open Access Efecto de la utilización de pienso enriquecido en ácidos grasos poliinsaturados en corderos en crecimiento sobre el desarrollo, la composición de la grasa de la carne y la expresión de los principales genes lipógenos del tejido adiposo(2016) Urrutia Vera, Olaia; Arana Navarro, Ana; Soret Lafraya, Beatriz; Producción Agraria; Nekazaritza EkoizpenaEn los últimos años, el aporte de ácidos grasos poliinsaturados (PUFA) de tipo n-3 en la alimentación animal es una vía que está siendo estudiada para mejorar el perfil lipídico de la carne, debido a que es un alimento con una proporción considerable de ácidos grasos saturados que se asocian a ciertas enfermedades crónicas y además existe un interés creciente por consumir alimentos más saludables. Sin embargo, algunos estudios muestran que el aumento de ácidos grasos saludables como el ácido a-linolénico (ALA), el ácido eicosapentaenoico (EPA), el ácido docosahexaenoico (DHA) y el isómero C18:2 c9t11 del ácido linoleico conjugado (CLA) en la carne tras la adición de fuentes de PUFA en las dietas de los animales no es muy significativo. Las hipótesis planteadas para esta discordancia apuntan a la regulación de la expresión de genes implicados en el metabolismo lipídico. Por lo tanto, el objetivo del presente estudio ha sido valorar el efecto de la incorporación materias primas ricas en PUFA (semilla de lino y chía ricas en ALA y microalgas marinas con un alto contenido en DHA) en la alimentación de corderos de raza Navarra durante el cebo de sobre las características de crecimiento y de la canal, el desarrollo del tejido graso y la composición en ácidos grasos de la carne y de la grasa, además de analizar varios parámetros relacionados con la calidad de la carne y valorar su aceptabilidad por parte de los consumidores. Por último, con objeto de profundizar en la comprensión de los mecanismos moleculares por medio de los cuales los PUFA pueden ejercer su acción en el tejido adiposo, se ha estudiado la expresión de varios genes lipogénicos y adipogénicos.Publication Open Access Efecto de una alimentación rica en semilla de lino y microalgas con alto contenido en ácidos grasos poliinsaturados en la expresión génica de enzimas lipogénicas en la grasa subcutánea e intramuscular de la carne de corderos(2011) Urrutia Vera, Olaia; Arana Navarro, Ana; Escuela Técnica Superior de Ingenieros Agrónomos; Nekazaritza Ingeniarien Goi Mailako Eskola TeknikoaEntre las causas de la disminución del consumo actual de carne de cordero se encuentra su alto contenido en ácidos grasos saturados ya que existe una preocupación por la salud y este tipo de grasas suponen un mayor riesgo de padecer obesidad y enfermedades cardiovasculares (Baghurst, 2004; Givens, 2005). Actualmente, se utilizan estrategias de alimentación para los rumiantes utilizando materias primas ricas en ácidos grasos (AGs) del tipo omega 3, con el objeto de modificar la composición de los AGs de su carne. Estudios previos han demostrado que este tipo de alimentación rica en ácidos grasos poliinsaturados (PUFAs) aumenta la composición de estos AGs en el músculo pero inhibe la actividad de algunas enzimas implicadas en la síntesis endógena y acumulación de los PUFAs (Ntambi, 1992; Bernard et al., 2005) no obteniendo el enriquecimiento esperado en estos AGs. En este trabajo se ha profundizado en el estudio de la expresión de genes en el músculo y tejido adiposo implicados en el metabolismo de los AGs en corderos alimentados con dietas ricas en PUFAs como el lino, con alto contenido en ácido alfalinolénico (ALA) y microalgas, abundante en ácido docosahexaenoico (DHA) y ácido eicosapentaenoico (EPA). Se utilizaron 33 corderos de Raza Navarra divididos en tres lotes cuya alimentación difería en el contenido y tipo de PUFAs: lote C (control), lote L suplementado con un 10% de lino y lote LA con 5% de lino y 3,75% de microalgas. Mediante RT-PCR a tiempo real se cuantificó la expresión de los genes ACC, LPL y SCoAD. Los resultados muestran diferentes patrones en la expresión de dichos genes en función del depósito. En el tejido adiposo intramuscular, la incorporación de lino y lino y las algas provocaron un descenso en la expresión génica de la ACC y SCoAD y un aumento en la expresión de la LPL respecto al grupo control. En el tejido adiposo subcutáneo, la expresión de la ACC y SCoAD aumentaron y disminuyó la expresión de la LPL en el lote L respecto al control, sin embargo, la inclusión de lino y las algas provocó un aumento en la expresión de la ACC, una disminución en la SCoAD y la LPL no presentó variación respecto al grupo control.Publication Open Access Effects of addition of linseed and marine algae to the diet on adipose tissue development, fatty acid profile, lipogenic gene expression, and meat quality in lambs(Public Library of Science, 2016) Urrutia Vera, Olaia; Mendizábal Aizpuru, José Antonio; Insausti Barrenetxea, Kizkitza; Soret Lafraya, Beatriz; Purroy Unanua, Antonio; Arana Navarro, Ana; Producción Agraria; Nekazaritza EkoizpenaThis study examined the effect of linseed and algae on growth and carcass parameters, adipocyte cellularity, fatty acid profile and meat quality and gene expression in subcutaneous and intramuscular adipose tissues (AT) in lambs. After weaning, 33 lambs were fed three diets up to 26.7 ± 0.3 kg: Control diet (barley and soybean); L diet (barley, soybean and 10% linseed) and L-A diet (barley, soybean, 5% linseed and 3.89% algae). Lambs fed L-A diet showed lower average daily gain and greater slaughter age compared to Control and L (P < 0.001). Carcass traits were not affected by L and L-A diets, but a trend towards greater adipocyte diameter was observed in L and L-A in the subcutaneous AT (P = 0.057). Adding either linseed or linseed and algae increased α-linolenic acid and eicosapentaenoic acid contents in both AT (P < 0.001); however, docosahexaenoic acid was increased by L-A (P < 0.001). The n-6/n-3 ratio decreased in L and L-A (P < 0.001). Algae had adverse effects on meat quality, with greater lipid oxidation and reduced ratings for odor and flavor. The expression of lipogenic genes was downregulated in the subcutaneous AT (P < 0.05): acetyl-CoA carboxylase 1 (ACACA) in L and L-A and lipoprotein lipase (LPL) and stearoyl-CoA desaturase (SCD) in L-A. Fatty acid desaturase 1 (FADS1), fatty acid desaturase 2 (FADS2) and fatty acid elongase 5 (ELOVL5) were unaffected. In the subcutaneous AT, supplementing either L or L-A increased peroxisome proliferator-activated receptor gamma (PPARG) and CAAT-enhancer binding protein alpha (CEBPA) (P < 0.05), although it had no effect on sterol regulatory element-binding factor 1 (SREBF1). In the intramuscular AT, expression of ACACA, SCD, FADS1 and FADS2 decreased in L and L-A (P < 0.001) and LPL in L (P < 0.01), but PPARG, CEBPA and SREBF1 were unaffected.Publication Open Access Expression of key myogenic, fibrogenic and adipogenic genes in Longissimus thoracis and masseter muscles in cattle(Cambridge University Press, 2020) Martínez del Pino, Lara; Urrutia Vera, Olaia; Arana Navarro, Ana; Alfonso Ruiz, Leopoldo; Mendizábal Aizpuru, José Antonio; Soret Lafraya, Beatriz; Agronomia, Bioteknologia eta Elikadura; Institute on Innovation and Sustainable Development in Food Chain - ISFOOD; Agronomía, Biotecnología y AlimentaciónAdipogenesis, myogenesis and fibrogenesis are related processes that can contribute to meat quality. Therefore, extending the knowledge of these processes would facilitate the identification of molecular markers that predict intramuscular fat accretion. The main purpose of this work, based on previous results, was to further study the expression of key genes related to adipogenic, myogenic, fibrogenic processes and some cytokines in Longissimus thoracis (LT) and Masseter (MS) muscles of Pirenaica and Holstein young bulls. Longissimus thoracis and MS muscles from Pirenaica (n = 4) and Spanish Holstein (n = 4) were sampled for proximate analysis, determination of adipocyte size distribution and expression of key candidate genes. Fat percentage was lower in LT than in MS muscle in Pirenaica young bulls (P = 0.023) and was higher in LT muscle in Holstein than in Pirenaica young bulls (P = 0.007). Gene expression analysis revealed that the mRNA level of myogenic differentiation 1 (MYOD) was higher in LT than in MS muscles in both groups of animals (P < 0.001) and that myostatin (MSTN) expression was also higher in LT than in MS muscle in Holstein bulls (P = 0.001). On the other hand, MSTN and PPARG showed higher expression in LT and MS in Pirenaica young bulls (P = 0.026), while the expression of fatty acid-binding protein 4 (FABP4) was higher in Holstein young bulls, also in both muscles (P < 0.001). The results suggested that the development of intramuscular adipose depot was directly related to the expression of adipogenic genes, such as FABP4, but inversely related to the expression of the cytokine MSTN and the myogenic gene MYOD, genes which showed a muscle-specific expression.Publication Open Access Improving the short‑term efficiency of rock phosphate‑based fertilizers in pastures by using edaphic biostimulants(Springer, 2016) Fernández, L.; Baigorri, R.; Urrutia Vera, Olaia; Erro, J.; Aparicio Tejo, Pedro María; Yvin, J. C.; García Mina, José M.; IdAB. Instituto de Agrobiotecnología / Agrobioteknologiako Institutua; Gobierno de Navarra / Nafarroako GobernuaBackground: The use of reactive rock phosphate (RP) in acidic soils as a phosphate (P) source for pastures and crops presents attractive economic advantages with respect to soluble phosphate. However, some studies have demonstrated that the short-term (1-year) efficiency of RP, compared with that of water-soluble P, is relatively poor. This fact penalizes not only the yield and quality of the earlier harvests, but even the whole final yield when the crop is affected by some abiotic or biotic stress at the beginning of the cycle. In the present study, we investigated the ability of new edaphic biostimulants to increase the short-term efficiency of RP-based fertilizer as a P source for pastures cultivated in acid soils. To this end, we have granulated rock phosphate with two edaphic biostimulants: tryptophan and a heteromolecular organic complex formed by humic acid and tryptophan through iron bridges, and compared their short-term P fertilizer efficacy with that of single superphosphate and rock phosphate. Results: Soil incubation studies showed that the heteromolecular complex humic acid–tryptophan and Tryptophan were able to increase soil CO2 production compared with native soil, rock phosphate, and superphosphate. Likewise, the presence of humic acid–tryptophan complex and Trp significantly increases plant-available phosphate compared with rock phosphate, up to levels similar to those of superphosphate. Plant (ray grass)–soil–pot studies showed that rock phosphate/(humic acid–tryptophan) formulation yielded values for both ray grass dry matter production and shoot P concentration, clearly higher than those of rock phosphate and rock phosphate/tryptophan. In addition, the results associated with rock phosphate/(humic acid–tryptophan) were similar to those for superphosphate, after 3 months of cultivation. Conclusions: Taken together, these results showed the suitability of the use of specific humic acid-based edaphic biostimulants to improve the short-term effect of rock phosphate fertilizers as a phosphate source for pastures cultivated in acid soils.Publication Open Access Insights into the role of major bioactive dietary nutrients in lamb meat quality: a review(BMC, 2022) Álvarez-Rodríguez, Javier; Urrutia Vera, Olaia; Lobón, Sandra; Ripoll, Guillermo; Bertolín, Juan R.; Joy Torrens, Margalida; Agronomía, Biotecnología y Alimentación; Agronomia, Bioteknologia eta ElikaduraFeed supplementation with α-linolenic acid (ALA) and linoleic acid (LA) increases their content in muscle, ALA increases n-3 polyunsaturated fatty acids and decrease n-6/n-3 ratio in muscle, and LA increases rumenic acid. However, high LA supplementation may have negative effects on lambs’ lipid oxidative stability of meat. When the sources of ALA and LA are fed as fresh forage, the negative effects are counterbalanced by the presence of other bioactive compounds, as vitamin E (mainly α-tocopherol) and polyphenols, which delay the lipid oxidation in meat. There is a wide consensus on the capability of vitamin E delaying lipid oxidation on lamb meat, and its feed content should be adjusted to the length of supplementation. A high dietary inclusion of proanthocyanidins, phenolic compounds and terpenes reduce the lipid oxidation in muscle and may improve the shelf life of meat, probably as a result of a combined effect with dietary vitamin E. However, the recommended dietary inclusion levels depend on the polyphenol type and concentration and antioxidant capacity of the feedstuffs, which cannot be compared easily because no routine analytical grading methods are yet available. Unless phenolic compounds content in dietary ingredients/supplements for lambs are reported, no specific association with animal physiology responses may be established.Publication Open Access Predicting beef carcass fatness using an image analysis system(MDPI, 2021) Mendizábal Aizpuru, José Antonio; Ripoll, Guillermo; Urrutia Vera, Olaia; Insausti Barrenetxea, Kizkitza; Soret Lafraya, Beatriz; Arana Navarro, Ana; Institute on Innovation and Sustainable Development in Food Chain - ISFOODThe amount and distribution of subcutaneous fat is an important factor affecting beef carcass quality. The degree of fatness is determined by visual assessments scored on a scale of five fatness levels (the SEUROP system). New technologies such as the image analysis method have been developed and applied in an effort to enhance the accuracy and objectivity of this classification system. In this study, 50 young bulls were slaughtered (570 ± 52.5 kg) and after slaughter the carcasses were weighed (360 ± 33.1 kg) and a SEUROP system fatness score assigned. A digital picture of the outer surface of the left side of the carcass was taken and the area of fat cover (fat area) was measured using an image analysis system. Commercial cutting of the carcasses was performed 24 h post-mortem. The fat trimmed away on cutting (cutting fat) was weighed. A regression analysis was carried out for the carcass cutting fat (y-axis) on the carcass fat area (x-axis) to establish the accuracy of the image analysis system. A greater accuracy was obtained by the image analysis (R2 = 0.72; p < 0.001) than from the visual fatness scores (R2 = 0.66; p > 0.001). These results show the image analysis to be more accurate than the visual assessment system for predicting beef carcass fatness.Publication Open Access Preservation of milk in liquid nitrogen during sample collection does not affect the RNA quality for RNA-seq analysis(BMC, 2025-05-24) Jiménez Montenegro, Lucía; Alfonso Ruiz, Leopoldo; Soret Lafraya, Beatriz; Mendizábal Aizpuru, José Antonio; Urrutia Vera, Olaia; Agronomía, Biotecnología y Alimentación; Agronomia, Bioteknologia eta Elikadura; Institute on Innovation and Sustainable Development in Food Chain - ISFOOD; Universidad Pública de Navarra / Nafarroako Unibertsitate Publikoa; Gobierno de Navarra / Nafarroako GobernuaBackground. Standard procedures for milk sample collection for transcriptome analysis use ice as preservation method, which can afect the RNA stability and requires immediate sample processing. These problems would be eased if the milk samples could be snap-frozen in liquid nitrogen. This study describes the applicability of a new method for milk sample collection and subsequent RNA extraction from milk fat globules, determining whether the quality, integrity and quantity of the RNA extracts met the minimum requirements for downstream RNA-seq. Results. The quality of the extracts measured by A260/280 ratio and the Integrity and Quality (IQ) values obtained fulflled the reference values of 1.9 - 2.1 (P10.05) and failed to meet the RIN≥7 benchmark for RNA-seq (P>0.05). Milk fat globules contain low molecular-weight RNA fragments and minimal 18S and 28S rRNA, suggesting low RIN values were inherent to sample type. Likewise, the RNA concentration from milk fat globules were generally low (120.43±22.27 ng/µL, 102.87±15.64 ng/µL and 109.43±22.69 ng/µL, measured by Nanodrop, Qubit HS and QuanTI Ribogreen, respectively). Nevertheless, RNA-seq yielded 52.7 million paired-end reads per sample. The raw reads passed all quality control parameters having the same sequence-read lengths (151 bp), 100% base-coverage, 49% GC base content, and base quality scores of 36, enabling successful transcriptome profling. Moreover, milk proteins were identifed as the most abundant transcripts in MFG in the analysis of the most expressed genes, indicating that the sequenced reads would accurately refect the transcriptome of this milk fraction. Conclusions. Milk preservation in liquid nitrogen is a suitable sample collection method that overcomes the limitations of immediate sample processing required if ice is used. Thus, this procedure, together with the subsequent RNA isolation from milk fat globules and its sequencing by RNA-seq, would provide a practical and a non-invasive method for measuring the mammary epithelial cell transcriptome, improving the feasibility of conducting studies related to mammary gland and lactation physiology.Publication Open Access Puesta a punto de una técnica de identificación de variantes de la B-caseína en leche(2021) Jiménez Montenegro, Lucía; Iturmendi Vizcay, Nerea; Urrutia Vera, Olaia; Escuela Técnica Superior de Ingeniería Agronómica y Biociencias; Nekazaritzako Ingeniaritzako eta Biozientzietako Goi Mailako Eskola TeknikoaLa leche de vaca contiene principalmente dos tipos de β-caseína, la A1 y la A2. En los últimos años, se ha reportado la posible relación del genotipo A1 de la β-caseína y la intolerancia a la leche. Surge así la leche A2, que contiene solo β-caseína A2, como una alternativa en el sector lácteo. En este contexto, el objetivo del trabajo fue desarrollar un método PCR en tiempo real (qPCR) basado en sondas para la detección de los alelos A1 y A2 del gen CSN2 de la β-caseína. En primer lugar, se comparó la idoneidad de 4 métodos de extracción de ADN a partir de las células somáticas de la leche, determinando que el más óptimo fue el kit Nucleospin Tissue. Para la validación del método qPCR se emplearon tanto muestras de ADN de referencia como de ADN de animales genotipados. Se determinó que el límite de detección absoluto con las muestras de referencia era de 73 y 730 copias de ADN para el alelo A1 y el A2, respectivamente. En cuanto a las muestras genotipadas, fue de 30,4 y 60,8 copias para el alelo A2 y el A1, respectivamente. Por su parte, el límite de detección relativo fue del 5% y 10% en mezclas del alelo A1 en A2 en las muestras de referencia y en las genotipadas, respectivamente. En conclusión, el método presenta buena sensibilidad y especificidad en la detección del alelo A1 y A2, lo que permitiría realizar el control de calidad de la leche A2 y verificar la ausencia de β-caseína de tipo A1.Publication Open Access Puesta a punto de una técnica de identificación de variantes de la Kappa-caseína en la raza bovina frisona(2021) Azparren Domínguez, Leire; Urrutia Vera, Olaia; Escuela Técnica Superior de Ingeniería Agronómica y Biociencias; Nekazaritzako Ingeniaritzako eta Biozientzietako Goi Mailako Eskola TeknikoaLa kappa-caseína es una proteína láctea codificada por el gen CSN3, para el que se han descrito 14 polimorfismos. Concretamente, en la raza Frisona, las variantes de mayor interés debido a su frecuencia e influencia en las aptitudes tecnológicas de la leche son los alelos A, B y E. A tal efecto, especialmente en granjas que transforman derivados lácteos, es de interés la selección genética enfocada en el incremento de la frecuencia del alelo B, para el que se describen efectos favorables sobre las propiedades de coagulación y rendimiento quesero, y la disminución de los alelos A y E, asociados a efectos negativos. En el presente trabajo se ha realizado la puesta a punto de la técnica qPCR mediante sondas para la detección de los alelos A, B y E del gen CSN3 en la raza Frisona. Se diseñaron cebadores y sondas específicas TaqMan que permitiesen identificar las tres variantes en reacciones duplex. Bajo las concentraciones finales de 0,2 µM de cebadores y 0,4 µM de sonda, y tras ajustar los programas del termociclador; el límite de detección se fijó a 6,73x100 copias/µl, los rangos dinámicos definidos manifestaron valores de eficiencia cercanos al 100% y valores de CV (%) comprendidos entre 0,01 y 15,76, observando una buena repetibilidad del método. La aplicabilidad de la técnica reflejó buenos resultados en la discriminación de las variantes mediante las sondas de la posición 13104, pero el funcionamiento no tan óptimo de las sondas 13124, supuso la identificación imprecisa de algunos genotipos. Finalmente, se sugirió la posibilidad de rediseñar la sonda FAM_13124_G para lograr el perfeccionamiento de la técnica en futuros ensayos.Publication Open Access Selección de genes de referencia para el estudio de expresión génica en glóbulos grasos de la leche(2024) Pueyo Anciano, Veronica; Urrutia Vera, Olaia; Echeverría Garín, Irache; Escuela Técnica Superior de Ingeniería Agronómica y Biociencias; Nekazaritzako Ingeniaritzako eta Biozientzietako Goi Mailako Eskola TeknikoaEn el presente trabajo se realizó la selección de genes de referencia para su uso en estudios posteriores de expresión génica en glóbulos grasos de la leche de vaca. Para ello, se seleccionaron 8 genes candidatos que han sido empleados como genes de referencia en estudios previos de expresión génica de la glándula mamaria bovina y se determinó su nivel de expresión en diferentes muestras de grasa láctea. Se realizó un diseño de cebadores para los diferentes genes candidatos y se verificó su correcta amplificación por medio de la técnica de retrotranscripción y posterior reacción en cadena de la polimerasa (RT-qPCR por sus siglas en inglés). La eficiencia de la reacción de qPCR se analizó por medio de curvas estándar a partir de diluciones seriadas empleando un pool de muestras de cDNA obtenidas a partir del RNA extraído de los glóbulos grasos de la leche de vaca. Se determinó la estabilidad de los genes candidatos midiendo los niveles de expresión del cDNA de forma individual y por duplicado en las muestras seleccionadas. Los resultados mostraron que las eficiencias de amplificación de la reacción de qPCR fueron óptimas (102-109%) para todos los genes, sin embargo, los genes PPIA, ACTB y GAPDH mostraron valores de R2 algo menores al recomendable (>0,98). Además, el resultado global proporcionado por el algoritmo RefFinder, de análisis de estabilidad, determinó que los genes RPS24 y RPLP0 eran los más estables, permitiendo su uso como genes de referencia en estudios de expresión génica en glóbulos grasos de la leche de vaca.Publication Open Access Volatile compounds, odour and flavour attributes of lamb meat from the navarra breed as affected by ageing(MDPI, 2021) Insausti Barrenetxea, Kizkitza; Urrutia Vera, Olaia; Mendizábal Aizpuru, José Antonio; Beriain Apesteguía, María José; Colle, Michael J.; Bass, Phillip D.; Arana Navarro, Ana; Murillo Arbizu, María Teresa; Institute on Innovation and Sustainable Development in Food Chain - ISFOODThis study aimed to assess the influence of ageing on the volatile compounds, as well as odour and flavour attributes of lamb meat from the Navarra breed. Twenty-one male lambs were fed a commercial concentrate diet after weaning and were harvested at 101 ± 6.5 days of age. From the Longissimus thoracis, 26 volatile compounds were identified, with hexanal, 2-propanone, and nonanal the most abundant (57.17% relative percentage abundance, RPA). The effect of ageing (1 vs. 4 d) was observed (p < 0.05) in six compounds: 1,4-dimethylbenzene decreased with ageing, while tridecane, 3-methylbutanal, 2-heptanone, 3-octanone, and 1-octen-3-ol increased. In general, ageing was linked to a decrease in livery and bloody flavour, bloody odour and ethanal, and an increase in pentane, hexanal, and heptanal, which are usually associated with fresh green grass and fat descriptors. Consequently, ageing lamb from the Navarra breed for four days might have a positive effect on meat sensory odour and flavour quality.Publication Open Access Worldwide research trends on milk containing only A2 β-casein: a bibliometric study(MDPI, 2022) Jiménez Montenegro, Lucía; Alfonso Ruiz, Leopoldo; Mendizábal Aizpuru, José Antonio; Urrutia Vera, Olaia; Institute on Innovation and Sustainable Development in Food Chain - ISFOODThe protein fraction of β-casein may play a key role in the manifestation of a new intolerance: milk protein intolerance. The most common forms of β-casein among dairy cattle breeds are A1 and A2 β-casein. During gastrointestinal digestion of A1 β-casein, an opioid called peptide β-casomorphin-7 (BCM-7) is more frequently released, which can lead to adverse health outcomes. For that reason, novel products labelled as "A2 milk"or "A1-free dairy products" have appeared on the market. In this context, a bibliometric analysis on A2 β-casein research was carried out through the Web of Science (WoS) database. The main objective of this work was to provide an overview of the state of the art in the field of β-casein A2 by analyzing the number of publications per year, trends in thematic content, the most frequently used terms, and the most important institutions and countries in the field. This bibliometric study showed that a greater effort is needed to determine the possible implications of this novel product for human health and the market.