Análisis del valor clínico de nuevos marcadores moleculares e inmunohistoquímicos según el subtipo de expresión del cáncer de colon

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dc.contributor.advisorGómez Dorronsoro, María Luisa
dc.contributor.advisorGuerrero Setas, David
dc.contributor.authorFernández de los Reyes, Irene
dc.contributor.departmentCiencias de la Saludes_ES
dc.contributor.departmentOsasun Zientziakeu
dc.date.accessioned2024-07-04T11:24:09Z
dc.date.available2024-07-04T11:24:09Z
dc.date.issued2024
dc.date.submitted2024-06-14
dc.descriptionEl tutor de la tesis es Tomás Belzunegui Otano
dc.description.abstractLa presente tesis doctoral, ha pretendido identificar biomarcadores pronósticos aplicables en la práctica clínica en CC en estadio II-III, mediante el estudio de metilación aberrante en los cuatro genes diferencialmente expresados en CMS4 y utilizados como marcadores subrogados: CDX2, HTR2B, FRMD6 y ZEB1. Para ello, se han reclutado un total de 144 pacientes con CC esporádico en estadio II-III. En primer lugar, se ha realizado la clasificación molecular subrogada por inmunohistoquímica de los pacientes a partir de TMAs (microarrays de tejidos), sobre los que se han realizado las técnicas inmunohistoquímicas (IHQ) MLH1, MSH2, MSH6, PMS2, CDX2, HTR2B, FRMD6 y ZEB1. Se identificaron 18 pacientes con alteración de proteínas reparadoras (12,5% CMS-IHQ1), 117 pacientes (80,6%) se clasificaron en el grupo CMS-IHQ2/3 y 9 pacientes (6,3%) en el subtipo CMS-IHQ4. El valor clínico de los subtipos valorado mediante la evaluación de supervivencia mostró que CMS-IHQ1 presentaba el mejor pronóstico, siendo significativamente distinto a CMS-IHQ4, grupo con peor pronóstico, observando un pronóstico intermedio en el grupo CMSIHQ2/3. De esta manera, pueden detectarse subtipos subrogados con distinto pronóstico (CMSIHQ1vs CMS-IHQ4). En segundo lugar, se realizó la pirosecuenciación de los genes subrogados CDX2, FRMD6 y ZEB1, a partir de ADN modificado con bisulfito de 144 bloques de tejido tumoral fijado en formol e incluido en parafina (FFPE) y de 40 bloques de tejido no tumoral FFPE control. No fue posible diseñar cebadores para analizar el patrón de metilación del promotor del gen HTR2B debido a la elevada densidad de CpGs. En tercer lugar, se analizó la expresión de ZEB1 mediante qRT-PCR a partir de ARN de 20 bloques de tejido tumoral FFPE y de 20 bloques de tejido no tumoral FFPE control, en la que se observó una diferencia de expresión estadísticamente significativa, observándose en los casos hipermetilados una menor expresión de ZEB1 respecto a los casos no metilados (p=0,035). Esta expresión no tuvo concordancia con el estudio IHQ de ZEB1 en el TMA, ni en el estudio IHQ de cortes completos del tumor. Posteriormente, se realizó la pirosecuenciación del gen ZEB1 a partir de ADN modificado con bisulfito de las líneas celulares HCT116, HT29, LoVo, RKO, SW480, SW837, T84, DLD1 y SW620. El gen ZEB1 se encontró hipermetilado en las líneas celulares DLD1, HCT116, HT29 y SW837 (94.5%, 80,5%, 96 % y 49%, respectivamente). Por el contrario, ZEB1 estaba completamente desmetilado en las células de la línea RKO (0%) y con baja metilación en las células LoVo, SW480, SW620, y T84 (3%, 5,5%, 2% y 4,5% respectivamente). La presencia o ausencia de hipermetilación del promotor de ZEB1 aporta un nuevo dato a las características propias de cada línea celular. Por último, se realizó el estudio de expresión de ZEB1 mediante qRT-PCR en las líneas con mayor nivel de metilación antes y después realizar un tratamiento de desmetilación con el agente desmetilante 5-aza-2ʹ-desoxicitidina (AZA), con el inhibidor de histonas desacetilasa tricostatina A (TSA) y con una combinación de ambos (AZA+TSA). El efecto del tratamiento con AZA, TSA o AZA+TSA sobre los niveles de expresión de ZEB1 en las líneas HCT116 y HT29 (ambas con elevado porcentaje de metilación y alta tasa de crecimiento), reveló una mayor reexpresión del gen ZEB1 en la línea celular HCT116 tratada con AZA (p < 0,0001) y en la línea celular HT29 tratada con AZA-TSA (p = 0,003) de forma transitoria.es_ES
dc.description.doctorateProgramPrograma de Doctorado en Ciencias de la Salud (RD 99/2011)es_ES
dc.description.doctorateProgramOsasun Zientzietako Doktoretza Programa (ED 99/2011)eu
dc.description.sponsorshipInvestigación financiada por el Fondo de Desarrollo Regional de la Unión Europea: 17-20, RefBio II, Red de cooperación transpirenaica en el marco de la investigación biomédica 2016-2018, INTERREG-POCTEFA
dc.format.extent160 p.
dc.format.mimetypeapplication/pdfen
dc.identifier.doi10.48035/Tesis/2454/50268
dc.identifier.urihttps://academica-e.unavarra.es/handle/2454/50268
dc.language.isospaen
dc.relation.publisherversionhttps://doi.org/10.48035/Tesis/2454/50268
dc.rights© Todos los derechos reservadoses_ES
dc.rights.accessRightsinfo:eu-repo/semantics/openAccess
dc.subjectCáncer de colones_ES
dc.subjectBiomarcadores moleculareses_ES
dc.subjectClasificación subrogada inmunohistoquímicaes_ES
dc.subjectMetilación aberrantees_ES
dc.titleAnálisis del valor clínico de nuevos marcadores moleculares e inmunohistoquímicos según el subtipo de expresión del cáncer de colones_ES
dc.typeinfo:eu-repo/semantics/doctoralThesis
dspace.entity.typePublication
relation.isAuthorOfPublicationcc2f7744-a121-49a2-9a45-d03e71bc8876
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