Publication:
Isolation of a new Tuber borchii strain and characterization of its transcriptomics and volatile compounds profile in vitro cultures

Simple item page
dc.contributor.advisorPisabarro de Lucas, Gerardoes_ES
dc.contributor.advisorSalman, Heshames_ES
dc.contributor.authorChuina Tomazeli, Emilia
dc.contributor.departmentCiencias de la Saludes_ES
dc.contributor.departmentOsasun Zientziakeu
dc.contributor.funderGobierno de Navarra / Nafarroako Gobernuaes
dc.date.accessioned2024-02-16T12:55:57Z
dc.date.issued2024
dc.date.submitted2024-02-09
dc.description.abstractEsta tesis doctoral describe el aislamiento, caracterización transcriptómica y compuestos volátiles de una nueva cepa de T. borchii obtenida a partir de un aislado natural. Establecer cultivos de trufas axénicas es una tarea desafiante y rara vez se logra. Sin embargo, tener acceso a diversas cepas es fundamental para avanzar en los estudios de biología molecular y establecer simbiosis micorrízica en estas especies. En este estudio, se realizó un análisis de transcriptoma del micelio vegetativo de T. borchii cultivado en diferentes sustratos en cultivos sumergidos. Nuestro objetivo no era comparar comportamientos en varios medios, sino establecer una comprensión fundamental del comportamiento de T. borchii en cultivos axénicos. En este contexto, la investigación se centró en genes que codifican enzimas integrales de las vías metabólicas centrales (que comprenden la glucólisis, el ciclo del TCA, el ciclo del glioxilato y la cadena respiratoria), genes afiliados a categorías de metabolitos secundarios y genes que gobiernan la generación de compuestos aromáticos volátiles. Además, realizamos un time course del crecimiento del micelio de T. borchii, identificando compuestos volátiles en diferentes tiempos y condiciones de cultivo. También se realizó una evaluación sensorial del micelio. La tesis también abarcó un segmento industrial, donde se probaron tecnologías para la conservación prolongada del micelio. Más allá de la delimitación de nuevas cepas, los análisis transcriptómicos insinúan que, incluso en condiciones aeróbicas con una expresión genética mínima vinculada a la cadena de transporte de electrones, T. borchii exhibe una mayor síntesis de alcohol deshidrogenasas y quinasas a nivel de sustrato. En particular, también se observó la expresión de genes de desintoxicación contra especies reactivas de oxígeno (ROS).es_ES
dc.description.abstractThis doctoral thesis describes the isolation, transcriptomic and volatile compound characterization of a new strain of T. borchii obtained from a natural isolate. Establishing axenic truffles cultures is a challenging task and is rarely accomplished. However, having access to various strains is essential for advancing molecular biology studies and establishing mycorrhizal symbiosis in these species. In this study, transcriptomic analyses of the vegetative mycelium of T. borchii cultivated in different substrates in submerged cultures were conducted. Our objective was not to compare behaviors in several media, but to establish a foundational understanding of T. borchii behavior in axenic cultures. Within this context, the investigation focused on genes encoding enzymes integral to central metabolic pathways (comprising glycolysis, TCA cycle, glyoxylate cycle, and the respiratory chain), genes associated with categories of secondary metabolites, and genes governing the generation of aromatic volatile compounds. Furthermore, a time course of growth of T. borchii mycelium was performed, identifying volatile compounds at different times and culture conditions. Additionally, a sensory assessment of mycelium was conducted. The thesis also encompassed an industrial segment, wherein technologies for the prolonged preservation of the mycelium were tested. Beyond the delineation of new strains, transcriptomic analyses imply that even in aerobic conditions with minimal gene expression linked to the electron transport chain, T. borchii exhibits heightened synthesis of alcohol dehydrogenases and kinases at the substrate level. Notably, the expression of detoxification genes against reactive oxygen species (ROS) was also observed.en
dc.description.doctorateProgramPrograma de Doctorado en Biotecnología (RD 99/2011)es_ES
dc.description.doctorateProgramBioteknologiako Doktoretza Programa (ED 99/2011)eu
dc.description.sponsorshipEste trabajo ha sido financiado por una Beca de Industria del Gobierno de Navarra para la realización de doctorados industriales (Ref. 0011-1408-2020-00000019), ayudas de movilidad Erasmus+ del programa de Campus Iberus (CONS_2017-1-ES01-KA108-036811) y del Gobierno de Navarra, y por fondos de los proyectos RTI2018-099371-B-I00 (MCIN/AEI/10.13039/5011000110333/ y FEDER Una manera de hacer Europa) and AGL2015-66833-R (MCIN/AEI/10.13039/5011000110333/ y FEDER Una manera de hacer Europa) del Plan Estatal de Investigación.es_ES
dc.embargo.lift2026-02-09
dc.embargo.terms2026-02-09
dc.format.extent184 p.
dc.format.mimetypeapplication/pdfen
dc.identifier.doi10.48035/Tesis/2454/47508
dc.identifier.urihttps://academica-e.unavarra.es/handle/2454/47508
dc.language.isoengen
dc.relation.projectIDinfo:eu-repo/grantAgreement/AEI/Plan Estatal de Investigación Científica y Técnica y de Innovación 2017-2020/RTI2018-099371-B-I00/ES/en
dc.relation.projectIDinfo:eu-repo/grantAgreement/MINECO//AGL2015-66833-R/ES/en
dc.relation.publisherversionhttps://doi.org/10.48035/Tesis/2454/47508
dc.rights© Todos los derechos reservadoses
dc.rights.accessRightsinfo:eu-repo/semantics/embargoedAccessen
dc.rights.accessRightsAcceso embargado 2 años / 2 urteko bahituraes
dc.subjectTuber borchiies_ES
dc.subjectTrufas axénicases_ES
dc.subjectBiología moleculares_ES
dc.subjectSimbiosis micorrícicaes_ES
dc.subjectCultivos sumergidoses_ES
dc.subjectCultivos axénicoses_ES
dc.subjectMicelioes_ES
dc.subjectTuber borchiien
dc.subjectAxenic trufflesen
dc.subjectMolecular biologyen
dc.subjectMycorrhizal symbiosisen
dc.subjectSubmerged culturesen
dc.subjectAxenic culturesen
dc.subjectMyceliumen
dc.titleIsolation of a new Tuber borchii strain and characterization of its transcriptomics and volatile compounds profile in vitro culturesen
dc.title.alternativeAislamiento de una nueva cepa de Tuber borchii y caracterización de su perfil transcriptómico y de compuestos volátiles en cultivos in vitroes_ES
dc.typeinfo:eu-repo/semantics/doctoralThesisen
dc.typeTesis doctoral / Doktoretza tesiaes
dspace.entity.typePublication

Files

Original bundle
Now showing 1 - 1 of 1
No Thumbnail Available
Name:
Tesis_Chuina Tomazeli, Emilia.pdf
Size:
67.88 MB
Format:
Adobe Portable Document Format
Download
License bundle
Now showing 1 - 1 of 1
No Thumbnail Available
Name:
license.txt
Size:
1.71 KB
Format:
Item-specific license agreed to upon submission
Description:
Download

Collections

Tesis doctorales DCS - OZS Doktoretza tesiak