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Caracterización de celulas madre hematopoyéticas humanas a través de datos transcriptómicos de célula única

La anotación es una etapa esencial del procesamiento bioinformático de datos de secuenciación de células individuales, en el que se asigna una identidad biológica a cada célula. Este proceso es especialmente relevante en el caso de poblaciones poco frecuentes y heterogéneas como las células progenitoras. En el presente trabajo, se lleva a cabo la anotación de células CD34+, provenientes de sangre periférica movilizada y obtenidas a través de los métodos de secuenciación Multiome 10X y CITE-Seq. Estas técnicas caracterizan el transcriptoma, el genoma y el perfil de marcadores de membrana, permitiendo la identificación de las diferentes poblaciones progenitoras que componen las muestras. Así mismo, se comparan diferentes metodologías de anotación, incluyendo la anotación automática con SingleR, “Label Transfer” y la manual. Además, se describen subpoblaciones dentro de las células madre hematopoyéticas (HSC), como las HSC de largo plazo (LT-HSC) y corto plazo (ST-HSC). Por último, se ha utilizado una aplicación Shiny que facilita la visualización de las muestras anotadas. Con todo ello, se ofrecen nuevas herramientas y conocimientos para facilitar el análisis en futuros ensayos de secuenciación de células madre y progenitoras hematopoyéticas.

Annotation is an essential step in the bioinformatic processing of single-cell sequencing data, where each cell is assigned a biological identity. This process is particularly relevant for the analysis of small and heterogeneous opulations, such as progenitor cells. In this study, the annotation of CD34+ cells is performed in samples from mobilized peripheral blood, obtained by Multiome 10X and CITE-Seq sequencing methods. The characterization of transcriptomic and membrane marker data enables the identification of different progenitor populations present in the samples. Additionally, different annotation methodologies are compared, including automatic annotation with SingleR and “Label Transfer”, as well as a manual annotation. Moreover, subpopulations within the hematopoietic stem cells (HSC) are identified, such as long-term HSC (LT-HSC) and short-term HSC (ST-HSC). Lastly, a Shiny application was used to facilitate the visualization of the annotated samples. Thus, this study provides new tools and insights to facilitate the analysis of hematopoietic stem and progenitor cells.