Browsing by Degree "Graduado o Graduada en Biotecnología por la Universidad Pública de Navarra"
Now showing 1 - 20 of 21
Results Per Page
Sort Options
Publication Embargo Bioestimulantes microbianos: caracterización del modo de acción(2024) Ardanaz Abaurrea, Uxue; Baroja Fernández, Edurne; Escuela Técnica Superior de Ingeniería Agronómica y Biociencias; Nekazaritzako Ingeniaritzako eta Biozientzietako Goi Mailako Eskola TeknikoaLa agricultura actual se enfrenta a la necesidad de producir una mayor cantidad de alimentos debido al crecimiento de la población en una situación de suelos degradados y cambio climático que penalizan el rendimiento de los cultivos. Con el fin de mantener el rendimiento de los cultivos, la agricultura emplea fertilizantes químicos basados en nitrógeno, fósforo y potasio que provocan daños ambientales y de salud humana y animal. Una alternativa a estos abonos nitrogenados es el uso de microorganismos fijadores de nitrógeno. Las bacterias Azotobacter tienen un gran potencial ya que carecen de especificidad de cultivos. En este trabajo se ha ensayado el efecto de la aplicación foliar de un bioestimulante basado en Azotobacter sobre el cultivo de Triticum aestivum L. cv. camargo. El tratamiento foliar muestra un adelanto en el desarrollo del cultivo así como una mejora en el contenido en pigmentos fotosintéticos, un aumento en la capacidad fotosintética, el contenido en azúcares y aminoácidos, y altera genes determinantes en la fijación y asimilación del nitrógeno en la planta. Por lo tanto, Azotobacter es una alternativa potencialmente interesante para reducir el empleo de abonos nitrogenados.Publication Embargo Captura de CO2 del aire mediante cultivo de Bacillus altitudinis en biorreactores(2024) Gómez Borobia, Miguel; Baztán Valencia, Fernando; Caballero Murillo, Primitivo; Escuela Técnica Superior de Ingeniería Agronómica y Biociencias; Nekazaritzako Ingeniaritzako eta Biozientzietako Goi Mailako Eskola TeknikoaEn este trabajo se sientan las bases para la creación de una empresa biotecnológica, cuyo objetivo es ofrecer al mundo soluciones altamente efectivas para luchar contra la contaminación del aire por CO2 y hacer frente a uno de los mayores desafíos de nuestro tiempo, el cambio climático. A lo largo del trabajo se detalla la tecnología en la que se basa la empresa, que consiste en el cultivo en biorreactor de una cepa de Bacillus altitudinis mejorada genéticamente para aumentar su tasa de fijación de CO2. El producto principal de la empresa consiste en un biorreactor de gran tamaño, en el que tendrá lugar el cultivo de la cepa de Bacillus altitudinis y que será colocado en lugares estratégicos, en los que haya un elevado nivel de CO2. El aire contaminado se hará pasar por el biorreactor a través del cultivo bacteriano, de forma que se captura el CO2 que contiene y el aire purificado se libera de nuevo al exterior. Por otro lado, se detallan los puntos clave en un proyecto de emprendimiento, como son, la descripción de la idea de negocio, la propuesta de valor, el estudio y delimitación de la oferta, así como, el análisis y comprensión de la demanda y la fijación de los segmentos objetivo.Publication Embargo Caracterización de la expresión de las micro-proteínas de Staphylococcus aureus(2022) Torguet Forradellas, Miriam; Solano Goñi, Cristina; Toledo Arana, Alejandro; Escuela Técnica Superior de Ingeniería Agronómica y Biociencias; Nekazaritzako Ingeniaritzako eta Biozientzietako Goi Mailako Eskola TeknikoaActualmente, existen metodologías de última generación con las cuales se pueden secuenciar rápida y económicamente los genomas bacterianos. Así, disponemos de gran cantidad de secuencias en las bases de datos, pero la anotación de estos genomas presenta deficiencias, ya que la mayoría de algoritmos no anotan ORFs de menos de 50 codones (en procariotas) si su función es desconocida. Así, no disponemos de información suficiente correspondiente a las mini-proteínas (sORFs), aunque estudios recientes demuestran que algunas cumplen funciones esenciales en las bacterias. Con el fin de identificar y caracterizar la función de las mini-proteínas no anotadas en el genoma de Staphylococcus aureus (una de las bacterias patógenas más importantes en clínica), hemos analizado datos de experimentos RIBO-seq (ribosome profiling, determina los mRNAs expresados in vivo) y proteómica de alta resolución, demostrando la presencia de decenas de mini-proteínas desconocidas en el genoma de S. aureus. En este trabajo, seleccionamos algunas candidatas para validar su expresión mediante fusiones con GFP y la determinación de los niveles de fluorescencia a nivel de células individuales. Además, en algunas de ellas se confirmó su localización en la membrana de la bacteria, mediante fraccionamientos subcelulares y microscopía de fluorescencia. Concretamente, descubrimos que la sOFR10 está en el septo de división celular, y se demostró que su sobreexpresión inhibe el crecimiento de S. aureus, lo que relaciona su función con la división celular. Así, este trabajo sienta las bases para futuras investigaciones orientadas a demostrar la relevancia de las mini-proteínas en S. aureus y otras bacterias.Publication Open Access Caracterización de las modificaciones postraduccionales a lo largo del eje olfatorio humano: fosforilaciones y acetilaciones.(2024) Martín Crespo, Eduardo; Santamaría Martínez, Enrique; Fernández Irigoyen, Joaquín; Escuela Técnica Superior de Ingeniería Agronómica y Biociencias; Nekazaritzako Ingeniaritzako eta Biozientzietako Goi Mailako Eskola TeknikoaAntecedentes. La pérdida de función olfativa es un síntoma temprano de enfermedades neurodegenerativas como el Alzheimer, afectando a regiones cerebrales del eje olfatorio como son el bulbo olfatorio, la corteza entorrinal, la amígdala y el hipocampo, donde se alteran varios procesos a nivel de proteínas. Por ello, la proteómica, junto con la fosfoproteómica y acetilómica, son herramientas muy útiles para el estudio de proteínas y sus modificaciones. No obstante, este tipo de análisis en estas áreas cerebrales aún son escasos, de ahí la necesidad de realizar estudios como el presente, para incrementar la información de la que se dispone. Métodos. Se aplicaron los protocolos de proteómica y fosfoproteómica a muestras de tejido cerebral post-mortem de las regiones mencionadas de un individuo sano, para identificar proteínas y sitios de fosforilación mediante cromatografía líquida acoplada a espectrometría de masas en tándem. Después, se realizó un análisis bioinformático de los datos. Por otro lado, se optimizó el kit “PTMScan® Acetyl-Lysine Motif [Ac-K]” para mejorar el enriquecimiento de péptidos acetilados tanto en células como tejidos cerebrales. Asimismo, a los extractos celulares, se les realizó un análisis fosfoproteómico para iniciar la puesta a punto de un protocolo que permita analizar de forma concatenada fosforilaciones y acetilaciones, para estudiar en el futuro la relación entre ellas. Resultados. Se identificaron un total de 2437 proteínas y 9091 sitios de fosforilación en las muestras de tejido post-mortem del paciente. Asimismo, se identificaron varios marcadores en estos tejidos sanos propios de individuos con neuropatologías, en los cuales están alterados, así como sus sitios de fosforilación. También se realizó un estudio de los receptores, los cuales son una poca proporción del total de proteínas, así como de las quinasas presentes, identificando algunas que se involucran en procesos neurodegenerativos. El análisis de elementos del interactoma de tau y tau fosforilada (P-tau) mostró la presencia de una elevada proporción de ellos, pero sin tau y P-tau. Además, hay una baja proporción de proteínas del líquido cefalorraquídeo que están presentes en las cuatro áreas de estudio. La optimización del protocolo de acetilaciones en células cerebrales obtuvo más péptidos acetilados empleando los tampones de lisis alternativos y el protocolo de digestión del laboratorio, mientras que en tejidos cerebrales se obtuvieron menos péptidos. El análisis del fosfoproteoma en los extractos celulares tras su enriquecimiento previo de acetilaciones también mostró baja recuperación de péptidos fosforilados. Conclusiones. El análisis del proteoma y fosfoproteoma en las regiones cerebrales estudiadas ha permitido obtener una amplia información sobre marcadores y su fosforilación, presentes en tejidos sanos, sirviendo como referencia para futuros estudios de mayor calibre. Por su parte, si bien se requieren de más pruebas de optimización del kit de acetilaciones, se ha podido establecer una base para próximos análisis de las acetilaciones en proteínas, así como de su relación con las fosforilaciones.Publication Open Access Caracterización de promotores específicos de raíz en plantas de tomate(2024) Lizarazu Zaratiegui, Teresa; Muñoz Pérez, Francisco José; Escuela Técnica Superior de Ingeniería Agronómica y Biociencias; Nekazaritzako Ingeniaritzako eta Biozientzietako Goi Mailako Eskola TeknikoaEl agotamiento de recursos naturales, el impacto medioambiental que supone el uso excesivo de agroquímicos y el incremento exponencial de la población mundial, generan la necesidad de desarrollar una agricultura sostenible y respetuosa con el medioambiente. Se ha visto que compuestos bioactivos producidos por determinados microorganismos, tienen potencial para mejorar la protección y productividad de los cultivos. Para estudiar su modo de acción sobre éstos, es necesario disponer de una colección de promotores específicos de tejidos, para generar plantas genéticamente modificadas que expresen ectópicamente los genes alterados por estos compuestos. Sin embargo, son pocos los promotores identificados para Solanum lycopersicum que sean específicos de las raíces maduras de los cultivos. Con el fin de ampliar las posibilidades, se va a caracterizar el promotor rolD de Agrobacterium rhizogenes en tomate usando fusiones transcripcionales con el gen GUS. Como control se utilizará el promotor del gen 2-oxoglutarate-dependent dioxygenase (SlREO) de tomate, que ya ha sido descrito como un promotor específico de raíces.Publication Embargo Caracterización molecular, bioquímica y biológica de cepas autóctonas de Bacilius thuringiensis para su uso como bioinsecticida contra la plaga del boj Cydalima perspectalis(2024) Unzué Gros, Júlia; Ruiz de Escudero Fuentemilla, Íñigo; Escuela Técnica Superior de Ingeniería Agronómica y Biociencias; Nekazaritzako Ingeniaritzako eta Biozientzietako Goi Mailako Eskola TeknikoaLa polilla del boj (Cydalima perspectalis) es una especie invasora de lepidóptero, responsable del reciente auge de los daños observados en los bojedales de la Comunidad Foral de Navarra (España). Frente a los inconvenientes de los productos químicos convencionales usados como método de control de la plaga, los bioplaguicidas basados en microorganismos entomopatógenos ofrecen una alternativa más duradera, ecológica y sostenible. En concreto, las proteínas cristalinas de B. thuringiensis han demostrado presentar actividad insecticida contra insectos de órdenes muy variados, incluyendo lepidópteros, coleópteros y dípteros. En el presente trabajo se determinó el contenido génico y proteico de dieciocho aislados navarros de Bt, mediante el uso de técnicas como PCR, PCR-RFLP, electroforesis en gel de acrilamida (SDS-PAGE) o secuenciación Sanger, así como herramientas bioinfórmaticas como BioEdit, Serial Cloner o BLAST. Asimismo, también se desarrollaron bioensayos de toxicidad de dos proteínas y dos de las cepas autóctonas frente a larvas neonatas de C. perspectalis, para evaluar su potencial insecticida. Se observó una diversidad génica notoria en los distintos aislados, incluyendo genes cry1, cry2 y vip3. Las proteínas Cry1Aa y Cry1Ac fueron activas frente a larvas neonatas de C. perspectalis, con unas CL50 de 5,63 μg/ml y 88,23 μg/ml respectivamente, y las cepas ensayadas registraron una mortalidad del 100 %, esclareciendo su potencial como bioinsecticida contra la polilla del boj en Navarra.Publication Embargo Contribución de los genes rsmA y rsmE y del sRNAs rsmY a la producción de Pseudomonas syringae pv. Phaseolicola 1448A(2022) Salas Pedroarena, Hugo; Murillo Martínez, Jesús; Escuela Técnica Superior de Ingeniería Agronómica y Biociencias; Nekazaritzako Ingeniaritzako eta Biozientzietako Goi Mailako Eskola TeknikoaPseudomonas syringae pv. phaseolicola (Pph) produce faseolotoxina, una toxina antimetabolito que inhibe las rutas de biosíntesis de arginina y de poliaminas y cuya síntesis está regulada por el sistema de regulación global GacS/GacA. Este sistema regula la expresión de pequeños RNAs no traducidos (sRNAs) que modulan la actividad de las proteínas Rsm. A su vez, las proteínas Rsm son reguladores postranscripcionales que actúan activando o reprimiendo la traducción del mRNA de un amplio conjunto de genes bacterianos. Los genes rsmA y rsmE participan en la regulación de la biosíntesis de faseolotoxina a 18 ºC, aparentemente como activadores. Dado que un mutante deficiente en GacA de la cepa Pph 1448A no sintetiza faseolotoxina, debe de haber un circuito regulador dependiente de GacA que controle la síntesis de la toxina en estas condiciones. Las proteínas RsmA y Rsm tienen un doble papel, activando y reprimiendo la síntesis de faseolotoxina, además de tener influencia sobre las ruta.Publication Embargo Desarrollo de materiales zeolíticos como alternativa a los agentes de clarificación utilizados en la elaboración de vinos blancos(2024) Castro Yurrita, Josu de; Gil Bravo, Antonio; Santamaría Arana, Leticia; Escuela Técnica Superior de Ingeniería Agronómica y Biociencias; Nekazaritzako Ingeniaritzako eta Biozientzietako Goi Mailako Eskola TeknikoaLos procesos de adsorción implican la adhesión de moléculas a la superficie de un adsorbente en una amplia gama de aplicaciones: separación y purificación de gases y líquidos, captura y liberación de fármacos, remediación de aguas residuales con contaminantes emergentes y clarificación de vinos blancos siendo estas dos últimas en las que el estudio se ha centrado. Para el tratamiento de aguas residuales el carbón activo es generalmente el compuesto más empleado mientras que para la clarificación de vinos blancos, la bentonita. Sin embargo, debido a ciertas limitaciones asociadas a estos adsorbentes, se han estudiado las zeolitas porque presentan varias ventajas frente a los métodos convencionales. El objetivo de este trabajo es identificar si las zeolitas son capaces tanto de adsorber contaminantes emergentes procedentes de compuestos farmacéuticos como de retener las proteínas que causan la turbidez en el vino blanco y, por ello, provocan inestabilidad proteica. El ácido gálico, el diclofenaco y el ácido salicílico fueron los contaminantes emergentes con los que se realizó la primera parte del estudio donde los adsorbentes empleados fueron el carbón activo y las zeolitas. En los experimentos se alteraron la concentración del contaminante y la cantidad de adsorbente. Por otro lado, en la segunda parte del estudio, la bentonita y las zeolitas se utilizaron con el propósito de clarificar vinos blancos. En particular se emplearon tres tipos de zeolitas microporosas con las que también se realizaron pruebas modificando la concentración de adsorbente/vino e incluso se calcinaron algunas de ellas.Publication Embargo Desarrollo de un método de detección de la proteína gigante Ebh en S. aureus(2024) Pérez Sierra, Yaiza; Lasa Uzcudun, Íñigo; Garmendia Antoñana, Nahiara; Escuela Técnica Superior de Ingeniería Agronómica y Biociencias; Nekazaritzako Ingeniaritzako eta Biozientzietako Goi Mailako Eskola TeknikoaStaphylococcus aureus es una bacteria gram positiva cuyos principales reservorios son los humanos y los animales. No obstante, S. aureus se ha convertido en uno de los principales patógenos en humanos capaz de producir infecciones muy diversas que van desde infecciones cutáneas hasta patologías clínicas graves como bacteriemia, neumonía, sepsis, osteomielitis o endocarditis. En la actualidad, una de las mayores preocupaciones es la gran facilidad que han demostrado estos estafilococos para desarrollar resistencia a muchos antibióticos. Por ello, hay un enorme interés en desarrollar nuevas terapias alternativas efectivas frente a las infecciones causadas por S. aureus. En este estudio nos vamos a centrar en Ebh, una proteína de gran tamaño y cuyo gen representa más del 1% del genoma de esta bacteria. La producción y secreción de esta proteína supone un elevado coste energético para la bacteria por lo que su presencia en la superficie celular debe ser sumamente importante para ella. Hay estudios que han probado la implicación de esta proteína en la adhesión celular, virulencia estafilocócica y, además, su papel es importante tanto en la resistencia a fármacos como en la resistencia al complemento. Al tratarse de una proteína tan grande, no es posible clonar el gen en un plásmido para expresar la proteína controlada o marcarla con una etiqueta. El objetivo de este estudio es añadir una etiqueta 3XFLAG a la proteína Ebh, que nos permita visualizar en qué condiciones se produce, activar o inhibir su presencia jugando con la presencia/ausencia de inductores, analizar cómo se distribuye en la superficie de la bacteria e identificar fenotipos asociados a su ausencia o sobreexpresión. Durante el trabajo hemos conseguido generar cepas recombinantes en los que la proteína Ebh incluye una etiqueta que permite su identificación con anticuerpos específicos para la etiqueta. En las cepas con los promotores inducibles la expresión de Ebh es dependiente de la presencia del inductor, pero en ausencia del inductor se detecta niveles residuales de proteína indicando que ambos promotores tienen escape. El análisis mediante microscopia de fluorescencia confirma la presencia de la proteína en la superficie de la bacteria. El análisis de las cepas que sobreexpresan Ebh respecto a la cepa salvaje que apenas lo expresa o a las cepas en ausencia de inductor, indica que la sobreproducción de Ebh reduce la velocidad de crecimiento mientras que la producción de una forma parcialmente delecionada de la proteína provoca una disminución en el tamaño de la bacteria. Las cepas construidas en este trabajo serán de gran utilidad para seguir investigando la función proteica de Ebh durante el proceso de infección de S. aureus.Publication Open Access Estudio de la dinámica de crecimiento en fases planctónica y biofilm de co-cultivos bacterianos de relevancia clínica en pacientes respiratorios crónicos(2024) Lopez Imas, Ander; Garmendia García, Juncal; Rapún Araiz, Beatriz; Escuela Técnica Superior de Ingeniería Agronómica y Biociencias; Nekazaritzako Ingeniaritzako eta Biozientzietako Goi Mailako Eskola TeknikoaLa Enfermedad Pulmonar Obstructiva Crónica (EPOC) es una afección respiratoria que se caracteriza por una obstrucción persistente del flujo de aire y está asociada a una alta mortalidad y morbilidad. Las exacerbaciones agudas, frecuentemente asociadas a infecciones bacterianas, son complicaciones comunes en la EPOC. Haemophilus influenzae y Streptococcus pneumoniae son dos patógenos habituales en estos casos. Además, patógenos periodontales como Fusobacterium nucleatum se alojan en los pulmones de estos pacientes respiratorios. Por su parte, H. influenzae es un patógeno oportunista que forma biopelículas, estructuras que protegen a las bacterias tanto de los antibióticos como del sistema inmunitario del huésped, dificultando su eliminación. Este Trabajo de Fin de Grado explora la interacción de H. influenzae con otros patógenos con los que convive en el pulmón de pacientes que sufren EPOC, así como el efecto de compuestos anti-biofilm en la formación y viabilidad de los mismos. Por una parte, se investigó el impacto del (E)-trans-2-nonenal, un análogo de cinamaldehído, en la inhibición de la formación de biopelículas de H. influenzae y F. nucleatum. Por otra parte, se analizó la dinámica de co-cultivos de H. influenzae con aislados clínicos de S. pneumoniae de serotipos emergentes en el actual contexto de vacunación anti-neumocócica. Finalmente, se exploró el diseño de estrategias de manipulación genética de F. nucleatum consistentes en la generación de cassettes de disrupción génica en un plásmido no replicativo, aplicado al diseño de herramientas de inactivación del gen que codifica una ornitina descarboxilasa en este patógeno periodontal, una enzima clave en el metabolismo de las poliaminas y la formación de biopelículas. En conjunto, este Trabajo de Fin de Grado ha generado información relevante sobre la dinámica de la interacción entre distintos patógenos con importancia clínica en pacientes respiratorios crónicos como es el caso de los pacientes que sufren EPOC.Publication Embargo Estudio de los mecanismos inmunosupresores en cáncer(2024) Andueza San Miguel, Ainhoa; Escors Murugarren, David; Escuela Técnica Superior de Ingeniería Agronómica y Biociencias; Nekazaritzako Ingeniaritzako eta Biozientzietako Goi Mailako Eskola TeknikoaLa inmunoterapia con bloqueadores de señalización por moléculas de control inmunitario PD-1/PD-L1 tiene como objetivo interferir con la señalización mediada por estas moléculas con el fin de potenciar y reactivar el sistema inmunitario y, así, obtener una inmunidad antitumoral. Sin embargo, algunos pacientes no responden frente a estas terapias. Esta resistencia se debe principalmente a la co-expresión de moléculas de control inmunitario adicionales, como LAG-3 en cáncer de pulmón no microcítico. Por ello, la generación de anticuerpos biespecíficos con capacidad de unión a dos dianas de forma simultánea resulta una terapia prometedora. La especificidad de unión dual permite el bloqueo simultáneo de dos vías de señalización diferentes, facilitando así la re-dirección de células inmunitarias a células tumorales. En el presente proyecto se ha generado un anticuerpo biespecífico contra los puntos de control inmunitario PD-1 y LAG-3 de ratón, con el fin de estudiar la expresión del mismo en diferentes líneas celulares. Para ello, en primer lugar, se ha diseñado y generado la construcción del anticuerpo biespecífico anti-PD-1 y anti-LAG-3 y se ha clonado en un vector de expresión lentiviral. A continuación, se han generado partículas lentivirales con la construcción mediante la transfección de células HEK 293T y se ha determinado el título por transducción de esta misma línea celular. Además, se ha establecido un sistema de visualización del anticuerpo biespecífico fusionado a GFP en las líneas celulares 3LL, MC38 y LACUN-3. Este proyecto es la base del estudio de la eficacia de los anticuerpos biespecíficos frente a las inmunoterapias actuales.Publication Embargo Estudio del potencial antioxidante en hortalizas asociado a la práctica de fertilización nitrogenada(2022) Amrani El Yaakoubi, Assma; Calleja Satrustegui, Aitziber; Ariz, Idoia; Escuela Técnica Superior de Ingeniería Agronómica y Biociencias; Nekazaritzako Ingeniaritzako eta Biozientzietako Goi Mailako Eskola TeknikoaLa fertilización nitrogenada basada en nitrato genera la acumulación de antinutrientes, nitrato y oxalato, en las hojas de hortalizas que al ser ingeridas perjudica nuestra salud. En contraposición, estas hortalizas presentan compuestos antioxidantes que suponen un beneficio para la salud. En este trabajo se pretende reemplazar el contenido de nitrato por amonio en la fertilización para reducir el contenido de antinutrientes en las hojas, así como aumentar la concentración de compuestos antioxidantes. De ahí que se estudió el contenido de oxalato, nitrato y capacidad antioxidante en borraja (Borago officinalis L.), espinaca (Spinacea oleracea L.) y rúcula (Eruca sativa Mill.) a diferentes ratios de fertilización NO3- /NH4+. Los resultados más relevantes mostraron una reducción de estos antinutrientes conforme bajaba la concentración de nitrato en la planta. En cuanto a los parámetros relativos a la capacidad antioxidante, cabe decir que no se obtuvieron resultados concluyentes.Publication Embargo Evaluación de la toxicidad y la biodistribución del adenovirus oncolítico VCN-01 tras una inyección intracraneal en hámsteres sirios(2022) Palacios Alonso, Daniel; Alonso Roldán, Marta; Bandrés Elizalde, Eva; Escuela Técnica Superior de Ingeniería Agronómica y Biociencias; Nekazaritzako Ingeniaritzako eta Biozientzietako Goi Mailako Eskola TeknikoaAunque a lo largo de los últimos años se ha producido un aumento en las ratios de supervivencia de algunos tumores cerebrales pediátricos, el pronóstico general sigue siendo desalentador. Es importante destacar que muchos de los supervivientes de largo tiempo de este tipo de tumores presentan secuelas importantes que interfieren con su calidad de vida. Por ello, existe necesidad clínica de desarrollar nuevas terapias para curar a los pacientes. Los virus oncolíticos han surgido como una prometedora herramienta terapéutica, por su capacidad de replicarse selectivamente en las células tumorales, manteniendo las células sanas intactas. Entre ellos se encuentra el VCN-01, que es un adenovirus oncolítico cuya eficacia ya ha sido probada en modelos preclínicos para el tratamiento de diferentes tumores cerebrales, como los gliomas de alto grado. No obstante, antes de poder realizar ensayos clínicos con este virus se debe comprobar que su administración intracraneal es segura. En este estudio se ha analizado la toxicidad y biodistribución que produce una administración intracraneal del VCN-01 en un modelo de hámster sirio. Las pruebas de toxicidad han mostrado un perfil seguro, no encontrándose efectos adversos tras la administración intracraneal. Por otro lado, se ha comprobado que el VCN-01 se mantiene confinado mayoritariamente el cerebro tras la administración, siendo residual su presencia en otros tejidos. En conclusión, los resultados de toxicidad y biodistribución obtenidos en este estudio apoyan el perfil de seguridad del VCN-01 para el tratamiento de pacientes con tumores cerebrales mediante una administración intracraneal.Publication Embargo Exploración genómica para identificar mutaciones en plantas de la variedad Berués (Vitis vinifera L.)(2022) Espinal Martínez de Lizarrondo, Maider; Urrestarazu Vidart, Jorge; Alfaro Sánchez, Manuel; Escuela Técnica Superior de Ingeniería Agronómica y Biociencias; Nekazaritzako Ingeniaritzako eta Biozientzietako Goi Mailako Eskola TeknikoaLa variedad Berués (Vitis vinifera L.), la cual se creía extinta, fue recuperada en la zona periurbana de Pamplona en prospecciones recientes realizadas en esta zona. En este Trabajo Fin de Grado se siguieron los principios FAIR y se utilizó la plataforma Galaxy para conocer el nivel de variabilidad intravarietal existente en plantas de la variedad Berués a través de datos genómicos obtenidos mediante Next Generation Sequencing. En una primera fase del TFG, se usaron marcadores moleculares de tipo microsatélite en combinación con bases de datos públicas para confirmar la identidad varietal de las plantas antes de proceder a la secuenciación de su genoma. Posteriormente, y utilizando para ello datos genotípicos de 18 mil SNPs en casi 800 variedades, se estudió el posicionamiento de la variedad Berués en la estructura genética global de Vitis vinifera L. Se puso de manifiesto que dicha variedad no pertenecía de manera inequívoca a una población geográfica concreta, aunque muy posiblemente, esté relacionada con variedades de vinificación del Oeste de Europa. La exploración genómica realizada mediante la plataforma de acceso abierto Galaxy, logró identificar entre 10 y 14 millones de variantes entre las plantas secuenciadas y el genoma de referencia de la vid. Más de la mitad de las variantes identificadas eran de tipo SNP, y el resto, inserciones, deleciones y MNP (Multiple Nucleotide Polimorphisms). Además, se evaluaron los efectos y el impacto que producían las variantes identificadas. La mayoría de variantes se localizaron en regiones no codificantes (upstream, downstream y regiones intrónicas e intergénicas) y no suponían un alto impacto en el genoma. En torno a un 0,1 % de las variantes se clasificaron como de alto impacto, ya que modificaban secuencias codificantes y, por tanto, podían afectar a la estructura de algunas proteínas. El análisis intravarietal resultó en la identificación de 415.048 variantes comunes para las cinco muestras y multitud de variantes únicas que podrían estar detrás de diferencias fenotípicas concretas. En conjunto, los resultados obtenidos contribuirán a un mejor conocimiento de la variabilidad intravarietal existente en esta variedad.Publication Open Access Generación de plásmidos reporter para el estudio de la regulación en la síntesis del polisacárido PIA-PNAG en S.aureus(2022) Bar Maroni, María Ailén; Echeverz Sarasúa, Maite; Lasa Uzcudun, Íñigo; Escuela Técnica Superior de Ingeniería Agronómica y Biociencias; Nekazaritzako Ingeniaritzako eta Biozientzietako Goi Mailako Eskola TeknikoaS. aureus es uno de los agentes causantes más frecuentes de infecciones crónicas asociadas con la formación de biofilm. Entre las diversas infecciones que esta bacteria puede producir destacan las infecciones asociadas a los dispositivos médicos. Es por ello que el estudio de la regulación intergénica del operón ica que codifica para el exopolisacárido PIA-PNAG, componente principal de la matriz del biofilm, se vuelve de gran importancia. En el estudio se crean construcciones que incluyen diferentes regiones del operón ica y el gen reportero de la GFP en un vector diseñado para clonar fragmentos de ADN sin añadir la región 5’UTR de la GFP con el objetivo de ver la influencia de la región 5’UTR de icaA sobre la expresión de icaR y de la región 5’UTR de icaR sobre la expresión de icaADBC para comprender mejor la regulación de la formación de biofilm. Los resultados evidenciaron la influencia de ambas regiones sobre los respectivos genes. Además, dos represores transcripcionales, IcaR y ArlRS, se unen al ADN en la región 5’UTR de icaA. IcaR actúa reprimiendo la expresión de icaADBC y, por tanto, la expresión de PIA-PNAG. ArlRS actúa reprimiendo icaR y, por tanto, activando la represión de icaADBC y, por consiguiente, la producción de PIA-PNAG.Publication Open Access Hiperprogresión en carcinoma no microcítico de pulmón(2024) Fontecha Muñoz, Olga; Alsena Maqueda, María; Arasanz Esteban, Hugo; Escuela Técnica Superior de Ingeniería Agronómica y Biociencias; Nekazaritzako Ingeniaritzako eta Biozientzietako Goi Mailako Eskola TeknikoaLa hiperprogresión es un tipo de respuesta adversa a la inmunoterapia que consiste en la aceleración del crecimiento tumoral desencadenada por el propio tratamiento. El estudio de este proceso resulta de gran importancia para dilucidar numerosos aspectos subyacentes que se mantienen desconocidos en la actualidad. Se busca un método que permita abordar dos de los principales problemas que plantea este fenómeno: la identificación de pacientes hiperprogresadores que reciben inmunoterapia en primera línea de tratamiento y la determinación de las características clínicas basales asociadas con mayor riesgo. Para ello, se han evaluado las características clínicas y radiológicas de los pacientes hiperprogresadores en segunda línea de tratamiento, para los cuales sí que se han propuesto criterios para la identificación. Se han analizado los elementos específicos de dichos pacientes con el objetivo de constatar si también permiten reconocer a los pacientes que sufren hiperprogresión en primera línea. En cuanto a las características clínicas se han evaluado las posibles correlaciones entre algunas de ellas y un mayor riesgo de hiperprogresión, pero no se ha encontrado ninguna evidencia que sugiera asociación de manera manifiesta dentro de la cohorte de segunda línea. Los resultados sugieren que sólo un valor de TGR (tumor growth rate) durante el tratamiento superior a 15,55 es válido para la identificación de la hiperprogresión en primera línea. Además, su relación significativa con una tasa de supervivencia libre de progresión inferior a 6,5 semanas indica que este límite podría ser aplicado en algunos casos. Dado el reducido número de pacientes evaluados, sería recomendable contrastar estos resultados en una cohorte de pacientes mayor.Publication Embargo Optimización de procedimientos técnicos de laboratorio para la obtención y comparación de perfiles genéticos en restos óseos antiguos(2024) García Díez, Angélica; Soret Lafraya, Beatriz; Escuela Técnica Superior de Ingeniería Agronómica y Biociencias; Nekazaritzako Ingeniaritzako eta Biozientzietako Goi Mailako Eskola TeknikoaA partir de la década de 1980, la genética forense ha cobrado un papel fundamental dentro del sistema judicial, convirtiéndose en una herramienta indispensable para la resolución de crímenes y disputas tanto en el ámbito civil como penal. Los avances en el conocimiento del genoma humano y del ADN mitocondrial han impulsado su aplicación en diferentes circunstancias que requieren de la identificación de personas, así como la capacitación de laboratorios especializados en el análisis de muestras biológicas (uñas, pelo, saliva, sangre, huesos o semen) de las que se desconoce de qué individuo proceden, denominadas “dubitadas”, y que provienen de escenas de un crimen, accidentes, etc. Estas muestras, se comparan con muestras de referencia o "indubitadas" para determinar su origen y, en última instancia, identificar a los individuos involucrados. En este trabajo se ha abordado la identificación de restos biológicos hallados en varias fosas comunes datadas en la guerra civil española. Para ello se han empleado técnicas como extracción de ADN, cuantificación por qPCR, amplificación y secuenciación; finalmente se hace referencia a la prueba de un Kit para la concentración del ADN a partir de diferentes matrices que resultó de poca utilidad para el tipo de muestras que se tratan en el laboratorio. Se analizaron un total de 60 muestras de varias fosas y se obtuvo la identificación de dos restos óseos de las fosas comunes de Berriozar (Navarra) y Farasdués (Zaragoza) correspondientes a víctimas de la guerra civil española, para lo que fue necesario contar con marcadores autosómicos y del cromosoma Y, constatando, además de la importancia de combinar diferentes tipos de marcadores, la indispensabilidad de contar con información de otras disciplinas como la historia y la antropología, ya que fue necesaria información sobre los restos, nombres y relaciones familiares de las personas que se encontraban enterradas.Publication Embargo Papel de la familia de transportadores de amino ácidos UMAMIT en la simbiosis leguminosa-rizobio(2024) Jordán Álvarez, Alba; Larrainzar Rodríguez, Estíbaliz; Escuela Técnica Superior de Ingeniería Agronómica y Biociencias; Nekazaritzako Ingeniaritzako eta Biozientzietako Goi Mailako Eskola TeknikoaLas leguminosas son plantas capaces de llevar a cabo la fijación biológica de nitrógeno, mediante el establecimiento de una simbiosis mutualista, con bacterias rizobio del suelo. Esta simbiosis, fundamental en ecosistemas y agricultura, requiere un intercambio de nutrientes entre la planta y la bacteria. Estudios transcriptómicos recientes han identificado varios genes de la familia de transportadores de aminoácidos UMAMIT cuya expresión se induce en las etapas iniciales de la simbiosis. Sin embargo, su contribución al establecimiento de esta simbiosis fijadora de nitrógeno no se ha estudiado en profundidad. El objetivo de este trabajo es evaluar el efecto del silenciamiento de varios de estos trasportadores de aminoácidos UMAMIT en la simbiosis leguminosa-rizobio. Para ello se han caracterizado plantas mutantes CRISPR-Cas9 de Medicago truncatula, que presentan el silenciamiento de tres de los genes UMAMIT inducidos simbióticamente, y se han comparado con plantas M. truncatula R108 como genotipo silvestre. Para el establecimiento de la simbiosis, las plantas se inocularon con dos cepas de rizobio con distinta capacidad fijadora de nitrógeno, Sinorhizobium meliloti y Sinorhizobium medicae. Tras la medida de parámetros fotosintéticos y del estado nitrogenado de la hoja, la fijación de nitrógeno y la biomasa de la planta, se han encontrado diferencias significativas entre las plantas mutantes y el genotipo silvestre. También se encontraron diferencias en el tamaño medio de los nódulos presentes en las raíces y una acumulación inusual de almidón en nódulos de plantas mutantes. Todas estas diferencias sugieren una deficiencia de nitrógeno en las plantas mutantes, demostrando así la importancia de la expresión de los genes de la familia UMAMIT en la simbiosis leguminosa-rizobio.Publication Open Access Producción recombinante de dominios amiloides para su caracterización biofísica y análisis de su efecto sobre el plegamiento de amiloides humanos(2022) Aginaga Etxamendi, Ainara Paula; Valle Turrillas, Jaione; Solano Goñi, Cristina; Escuela Técnica Superior de Ingeniería Agronómica y Biociencias; Nekazaritzako Ingeniaritzako eta Biozientzietako Goi Mailako Eskola TeknikoaEstudios recientes han introducido un cambio de paradigma en el reconocimiento de los amiloides bacterianos como elementos funcionales y estructurales del biofilm. El biofilm formado por la microbiota del tracto intestinal es uno de los más abundantes del cuerpo humano y, como tal, produce una enorme cantidad de amiloides. Considerando las evidencias crecientes sobre la relación entre la microbiota y el desarrollo de enfermedades neurodegenerativas, y el hecho de que los amiloides bacterianos y humanos comparten la misma estructura secundaria, es posible pensar que los amiloides bacterianos de la microbiota intestinal puedan estar involucrados en el desarrollo de estas enfermedades al inducir el plegamiento aberrante de amiloides humanos. Los objetivos que se plantean en este trabajo Fin de Grado son la producción recombinante de potenciales dominios amiloides de bacterias de la microbiota intestinal con el fin de demostrar sus propiedades amiloides y el análisis de la capacidad de la proteína amiloide Bap para inducir la agregación in vivo del amiloide humano α-sinucleína en un modelo de Caenorhabditis elegans.Publication Open Access Reposicionamiento de fármacos en la enfermedad de Alzheimer(2024) Barrio Alonso, Erica; Fernández Irigoyen, Joaquín; Santamaría Martínez, Enrique; Escuela Técnica Superior de Ingeniería Agronómica y Biociencias; Nekazaritzako Ingeniaritzako eta Biozientzietako Goi Mailako Eskola TeknikoaIntroducción. La enfermedad de Alzheimer (EA) es la forma más común de demencia y su La prevalencia y la incidencia han aumentado considerablemente en los últimos años en todo el mundo. el principal Los agentes causales a nivel molecular son las formas patógenas del péptido β-amiloide y Proteína Tau hiperfosforilada. Aunque se han logrado avances significativos en la caracterización de esta enfermedad, existe la necesidad clínica de establecer nuevas terapias debido a el gran aumento del número de pacientes en todo el mundo. En este trabajo se propone el reposicionamiento de fármacos como una posible estrategia para predecir fármacos potenciales. capaz de revertir las huellas ómicas características de la EA. El estudio utiliza el NeuroPro base de datos, que recopila cambios de proteínas en el tejido cerebral humano con EA y significativamente Proteínas alteradas. Métodos. Análisis bioinformático de la base de datos NeuroPro utilizando Connectivity Map para el Predicción de fármacos con potencial para revertir las huellas ómicas características de la EA. célula MTT Los ensayos de viabilidad se realizaron en células SH-SY5Y; Controlar con DMSO y tratar con el medicamentos AT-9283, SB-216763 y P11 en diferentes concentraciones por triplicado (n = 3) para establecer las concentraciones óptimas de cada fármaco. Validación de los posibles efectos terapéuticos del fármacos propuestos mediante ensayo MTT con células SH-SY5Y para estudiar el efecto de cada fármaco sobre la estímulos dañinos H2O2 (20 μM), Aβ25-35 oligomerizado a 37°C (1μM) y Tau en fibrillas (1 μg/ μL) alquitranes 24 horas de tratamiento (Control = DMSO y estímulo dañino, Tratamiento = drogas y estímulos dañinos). Cada condición se estableció por triplicado. Resultados. Utilizando el enfoque de reutilización de medicamentos basado en Connectivity Map, AT-9283, SB-216763 y P11 fueron seleccionados como fármacos capaces de revertir las huellas ómicas asociadas a la EA. Después de los experimentos de validación, el inhibidor P11 para su objetivo PAFAH1b3 mostró una efecto antioxidante y además, protegido del daño inducido por Aβ25-35 oligomerizado en 37°C (1μM) en un rango de concentraciones de 900 nM a 2000 nM. La droga AT-9283 protegido del daño oxidativo resultante del tratamiento con H2O2 (20 μM) a 5 nM y 20 nM. SB-216763 en ciertas concentraciones (180, 250 y 300 nM) reduce el daño causado por Proteína tau en fibrillas. Conclusiones. La reutilización de fármacos es una alternativa eficaz para el desarrollo de la EA terapias El inhibidor AT-9283 tiene actividad antioxidante en las células de neuroblastoma SH-SY5Y cultura. El inhibidor SB-216763 ha demostrado capacidad neuroprotectora frente a la proteína Tau en fibrillas. El inhibidor P11 en su objetivo PAFAH1b3, protege contra los derivados del peróxido de hidrógeno. daño oxidativo y muestra capacidad anti-Aβ25-35 que mejora el cultivo de células SH-SY5Y proliferación.