Dpto. Producción Agraria - Nekazaritza Ekoizpena Saila
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Publication Open Access Acumulación/movilización de reservas grasas: especie caprina versus especie ovina(Universidad Cardenal Herrera-CEU. Fundación Universitaria San Pablo-CEU, 2002) Mendizábal Aizpuru, José Antonio; Delfa, R.; Eguinoa Ancho, Paola; Arana Navarro, Ana; González, C.; Alzón, M.; Purroy Unanua, Antonio; Producción Agraria; Nekazaritza EkoizpenaEn 20 cabras de raza Blanca Celtibérica (PV: 55,8±12,95Kg.) con notas de condición corporal esternal comprendidas entre 1,5 y 4,5 (3±1,0; escala 0-5) y 20 ovejas de raza Rasa Aragonesa (PV: 55,5±12,46Kg.) con notas de condición corporal lumbar comprendidas entre 1,5 y 4,5 (3±1,0; escala 0-5), todas ellas adultas, secas y vacías, se ha estudiado la variación de la cantidad de grasa en los depósitos grasos omental (OM), mesentérico (MES), pelvicorrenal (PR), subcutáneo (SC) e intermuscular (IM) con la nota de condición corporal (mee). Los resultados obtenidos muestran que, en general, las cabras de raza Blanca Celtibérica presentaban mayor cantidad de grasa que las ovejas de raza Rasa Aragonesa (11.129 frente a 8.450 gr. de grasa total) para una nCC media de 3 y un PV de 56 Kg. en ambas especies. Unicamente, en el depósito PR las ovejas presentaron mayor cantidad de grasa que las cabras (1.878 vs 1636 g). En la especie caprina, la mayor acumulación/movilización de grasa por unidad de variación de la nCC se produjo en el depósito OM (1938 g), mientras que en la especie ovina tuvo lugar en el depósito PR (1219 g). No obstante, si comparamos la variación relativa de cada depósito graso (proporcional al peso medio de cada depósito) ésta tuvo lugar en ambas especies en el subcutáneo, con una variación del 72,5 y 65,3% en las cabras y ovejas, respectivamente.Publication Open Access Adiposity and adipogenic gene expression in four different muscles in beef cattle(Public Library of Science, 2017) Martínez del Pino, Lara; Arana Navarro, Ana; Alfonso Ruiz, Leopoldo; Mendizábal Aizpuru, José Antonio; Soret Lafraya, Beatriz; Producción Agraria; Nekazaritza EkoizpenaAnatomical site and divergent functionalities of muscles can be related to differences in IMF content, metabolism and adipogenic gene expression. Then, potential differences in different muscles in beef cattle were studied. As a second objective, the main sources of experimental variability associated to RT-qPCR results were analyzed following a nested design in order to implement appropriate experimental designs minimizing gene expression variability. To perform the study Longissimus thoracis (LT), Semitendinosus (SM), Masseter (MS), Sternomandibularis (ST) and subcutaneous adipose tissue (SAT) samples of Pirenaica young bulls (n = 4) were collected for IMF, collagen and protein quantification, analysis of adipocyte size distribution and gene expression (PPARG, CEBPA, FAPB4 and WNT10B). A greater IMF content was observed in MS and SM muscles, which had a bimodal adipocyte size distribution while it was unimodal in the muscles LT and ST. This suggest that the different IMF accretion in the muscles studied might be related to different rates of hyperplasia and hypertrophy and that IMF might develop later in LT and ST muscles. The former differences were not mirrored by the expression of the genes analyzed, which might be related to the different contribution of mature and non-mature adipocytes to the total gene expression. When comparing IMF and SAT gene expression, late and early developing tissues respectively, expression of PPARG, CEBPA and FABP4 was higher in the SAT, in agreement with bigger cell size and numbers. The variability study indicates that the analytical factors that add higher variability to the gene expression are the sampling and RT and therefore, it would be appropriate to include those replicates in the design of future experiments. Based on the results, the use of MS and SM muscles could allow less expensive experimental designs and bigger sample size that could permit the detection of lower relevant differences in gene expression.Publication Open Access Advanced studies of yeast metabolism under winemaking conditions. Paving the way for a predictive model(2014) Martínez Moreno, Rubén; González García, Ramón; Morales Calvo, Pilar; Quirós Asensio, Manuel; Pisabarro de Lucas, Gerardo; Producción Agraria; Nekazaritza EkoizpenaEn esta tesis doctoral se presenta una nueva metodología para el estudio de la fisiología y del metabolismo de Saccharomyces cerevisiae durante la fermentación alcohólica que tienen lugar en el proceso de vinificación. Esta estrategia se basa en que a partir de un estudio detallado de la fermentación, ésta se puede dividir en fases que se pueden imitar en cultivo continuo. Por otro lado, se ha desarrollado también un modelo estequiométrico que simula el metabolismo de levadura en condiciones de vinificación. Estas herramientas se han aplicado al estudio de la primera etapa de la fermentación, demostrando como todas las fuentes de nitrógeno se consumen simultáneamente durante este periodo. Esta tesis también ha demostrado la importancia de conocer el contenido en fuentes de nitrógeno del mosto y su composición, así como las necesidades nitrogenadas de la levadura para diseñar protocolos de suplementación de mostos adecuados. Una correcta adición de nitrógeno en cantidad y tiempo sin duda puede incrementar la calidad organoléptica de un vino, reduciendo su acidez volátil, aumentando su untuosidad e incrementando el contenido en alcoholes superiores.Publication Open Access Análisis de la relación entre el espesor de la grasa dorsal y el tamaño de los adipocitos en cerdas reproductoras(Asociación Interprofesional para el Desarrollo Agrario, 2007) Mendizábal Aizpuru, José Antonio; Abadía Durán, Silvia; Abaurrea Aramburu, Eneko; Alfonso Ruiz, Leopoldo; Producción Agraria; Nekazaritza EkoizpenaLa correcta gestión de las reservas grasas durante el ciclo productivo de las cerdas reproductoras es un factor clave para la obtención de unos buenos resultados productivos. El principal depósito graso en las cerdas lo constituye el tejido graso subcutáneo, por lo que la medición del espesor graso dorsal es un buen indicador del estado de las reservas corporales. Aunque existen diversos puntos para la medición del espesor, se recomienda hacerlo a nivel de la última costilla flotante, punto que se conoce como P2 (Quiniou, 2004). En esta localización se pueden distinguir hasta tres capas distintas de grasa subcutánea (Moody y Zobrisky, 1966). Distintos trabajos han observado un desarrollo diferencial de las tres capas durante el crecimiento de los animales (Alfonso, 2004; Fortin, 1986), así como diferencias en su actividad lipogénica (Cámara et al., 1996). Por tanto, el estudio de las características de cada capa considerada como distinto depósito graso puede ser importante para conocer los mecanismos de acumulación y movilización de las reservas grasas. En este sentido, en el presente trabajo se estudia la relación entre el espesor de la grasa y el tamaño de los adipocitos de cada una de las capas descritas en la grasa subcutánea dorsal.Publication Open Access Analysis of the genetic diversity and structure across a wide range of germplasm reveals prominent gene flow in apple at the European level(BioMed Central, 2016) Urrestarazu Vidart, Jorge; Denancé, Caroline; Ravon, Elisa; Guyader, Arnaud; Guisnel, Rémi; Feugey, Laurence; Poncet, Charles; Lateur, Marc; Houben, Patrick; Ordidge, Matthew; Fernández Fernández, Felicidad; Evans, Kate M.; Paprstein, Frantisek; Sedlak, Jiri; Nybom, Hilde; Garkava Gustavsson, Larisa; Miranda Jiménez, Carlos; Gassmann, Jennifer; Kellerhals, Markus; Suprun, Ivan; Pikunova, Anna V.; Krasova, Nina G.; Torutaeva, Elnura; Dondini, Luca; Tartarini, Stefano; Laurens, François; Durel, Charles Eric; Producción Agraria; Nekazaritza EkoizpenaBackground: The amount and structure of genetic diversity in dessert apple germplasm conserved at a European level is mostly unknown, since all diversity studies conducted in Europe until now have been performed on regional or national collections. Here, we applied a common set of 16 SSR markers to genotype more than 2,400 accessions across 14 collections representing three broad European geographic regions (North + East, West and South) with the aim to analyze the extent, distribution and structure of variation in the apple genetic resources in Europe. Results: A Bayesian model-based clustering approach showed that diversity was organized in three groups, although these were only moderately differentiated (FST = 0.031). A nested Bayesian clustering approach allowed identification of subgroups which revealed internal patterns of substructure within the groups, allowing a finer delineation of the variation into eight subgroups (FST = 0.044). The first level of stratification revealed an asymmetric division of the germplasm among the three groups, and a clear association was found with the geographical regions of origin of the cultivars. The substructure revealed clear partitioning of genetic groups among countries, but also interesting associations between subgroups and breeding purposes of recent cultivars or particular usage such as cider production. Additional parentage analyses allowed us to identify both putative parents of more than 40 old and/or local cultivars giving interesting insights in the pedigree of some emblematic cultivars. Conclusions: The variation found at group and subgroup levels may reflect a combination of historical processes of migration/selection and adaptive factors to diverse agricultural environments that, together with genetic drift, have resulted in extensive genetic variation but limited population structure. The European dessert apple germplasm represents an important source of genetic diversity with a strong historical and patrimonial value. The present work thus constitutes a decisive step in the field of conservation genetics. Moreover, the obtained data can be used for defining a European apple core collection useful for further identification of genomic regions associated with commercially important horticultural traits in apple through genome-wide association studies.Publication Open Access Aportación veterinaria en los inicios de la avicultura española(Consejo General de Veterinarios de España, 2015) Mendizábal Aizpuru, José Antonio; Producción Agraria; Nekazaritza EkoizpenaEl autor pretende mostrar la aportación de eminentes veterinarios en el desarrollo de la avicultura española, desde mediados del siglo XIX hasta la Guerra Civil de 1936.Publication Open Access Assessment of the genetic and phenotypic diversity maintained in apple core collections constructed by using either agro-morphologic or molecular marker data(Instituto Nacional de Investigación y Tecnología Agraria y Alimentaria (INIA), 2009) Santesteban García, Gonzaga; Miranda Jiménez, Carlos; Royo Díaz, José Bernardo; Producción Agraria; Nekazaritza EkoizpenaLas colecciones nucleares de plantas pueden formarse a partir de la información obtenida en caracterizaciones morfológicas, agronómicas o eco-geográficas, así como a partir de caracterizaciones bioquímicas o moleculares. Un aspecto poco estudiado de la formación y validación de colecciones nucleares es la capacidad de éstas para conservar la estructura y diversidad de la colección global en aquellos caracteres que no han sido empleados para formar la colección nuclear. En el presente estudio se determinaron tres colecciones nucleares para el Banco de Germoplasma de Manzano de la Universidad Pública de Navarra: para el primero se emplearon los datos de caracterización de 10 marcadores SSR, la segunda fue formada a partir de la caracterización hecha con 12 loci de isoenzimas, y la tercera se construyó a partir de la información proporcionada por 23 caracteres morfo-agronómicos. Se comparó la estructura y diversidad genotípica y fenotípica de las tres colecciones, entre sí y respecto de la colección original, para determinar el impacto que sobre dicha estructura y diversidad tenía el tipo de dato con que se formó la colección nuclear. Las tres colecciones conservaron una diversidad similar y no difirieron de la original en sus índices de Nei y Shannon-Weaver, y siempre se mantuvieron las frecuencias de las clases alélicas o fenotípicas. En conjunto, el tipo de caracterización empleada en la formación de la colección nuclear tuvo escasa influencia sobre la diversidad retenida, de lo que se concluye que en el manzano los microsatélites son especialmente adecuados para formar dichas colecciones.Publication Open Access B regulates IS256-mediated Staphylococcus aureus biofilm phenotypic variation(American Society for Microbiology, 2007) Valle Turrillas, Jaione; Vergara Irigaray, Marta; Merino, Nekane; Penadés, José R.; Lasa Uzcudun, Íñigo; Nekazaritza Ekoizpena; Producción Agraria; IdAB. Instituto de Agrobiotecnología / Agrobioteknologiako InstitutuaBiofilm formation in Staphylococcus aureus is subject to phase variation, and biofilm-negative derivatives emerge sporadically from a biofilm-positive bacterial population. To date, the only known mechanism for generating biofilm phenotypic variation in staphylococci is the reversible insertion/excision of IS256 in biofilm-essential genes. In this study, we present evidence suggesting that the absence of the σB transcription factor dramatically increases the rate of switching to the biofilm-negative phenotype in the clinical isolate S. aureus 15981, under both steady-state and flow conditions. The phenotypic switching correlates with a dramatic increase in the number of IS256 copies in the chromosomes of biofilm-negative variants, as well as with an augmented IS256 insertion frequency into the icaC and the sarA genes. IS256-mediated biofilm switching is reversible, and biofilm-positive variants could emerge from biofilm-negative σB mutants. Analysis of the chromosomal insertion frequency using a recombinant IS256 element tagged with an erythromycin marker showed an almost three-times-higher transposition frequency in a ΔσB strain. However, regulation of IS256 activity by σB appears to be indirect, since transposase transcription is not affected in the absence of σB and IS256 activity is inhibited to wild-type levels in a ΔσB strain under NaCl stress. Overall, our results identify a new role for σB as a negative regulator of insertion sequence transposition and support the idea that deregulation of IS256 activity abrogates biofilm formation capacity in S. aureus.Publication Open Access Bacillus thuringiensis toxins: an overview of their biocidal activity(MDPI, 2014) Palma Dovis, Leopoldo; Muñoz Labiano, Delia; Berry, Colin; Murillo Martínez, Jesús; Caballero Murillo, Primitivo; Nekazaritza Ekoizpena; Producción Agraria; IdAB. Instituto de Agrobiotecnología / Agrobioteknologiako InstitutuaBacillus thuringiensis (Bt) is a Gram positive, spore-forming bacterium that synthesizes parasporal crystalline inclusions containing Cry and Cyt proteins, some of which are toxic against a wide range of insect orders, nematodes and human-cancer cells. These toxins have been successfully used as bioinsecticides against caterpillars, beetles, and flies, including mosquitoes and blackflies. Bt also synthesizes insecticidal proteins during the vegetative growth phase, which are subsequently secreted into the growth medium. These proteins are commonly known as vegetative insecticidal proteins (Vips) and hold insecticidal activity against lepidopteran, coleopteran and some homopteran pests. A less well characterized secretory protein with no amino acid similarity to Vip proteins has shown insecticidal activity against coleopteran pests and is termed Sip (secreted insecticidal protein). Bin-like and ETX_MTX2-family proteins (Pfam PF03318), which share amino acid similarities with mosquitocidal binary (Bin) and Mtx2 toxins, respectively, from Lysinibacillus sphaericus, are also produced by some Bt strains. In addition, vast numbers of Bt isolates naturally present in the soil and the phylloplane also synthesize crystal proteins whose biological activity is still unknown. In this review, we provide an updated overview of the known active Bt toxins to date and discuss their activities.Publication Open Access Bap, a Staphylococcus aureus surface protein involved in biofilm formation(American Society for Microbiology, 2001) Cucarella, Carme; Solano Goñi, Cristina; Valle Turrillas, Jaione; Amorena Zabalza, Beatriz; Lasa Uzcudun, Íñigo; Penadés, José R.; Nekazaritza Ekoizpena; Producción Agraria; IdAB. Instituto de Agrobiotecnología / Agrobioteknologiako Institutua; Gobierno de Navarra / Nafarroako GobernuaIdentification of new genes involved in biofilm formation is needed to understand the molecular basis of strain variation and the pathogenic mechanisms implicated in chronic staphylococcal infections. A biofilm-producing Staphylococcus aureus isolate was used to generate biofilm-negative transposon (Tn917) insertion mutants. Two mutants were found with a significant decrease in attachment to inert surfaces (early adherence), intercellular adhesion, and biofilm formation. The transposon was inserted at the same locus in both mutants. This locus (bap [for biofilm associated protein]) encodes a novel cell wall associated protein of 2,276 amino acids (Bap), which shows global organizational similarities to surface proteins of gram-negative (Pseudomonas aeruginosa andSalmonella enterica serovar Typhi) and gram-positive (Enteroccocus faecalis) microorganisms. Bap's core region represents 52% of the protein and consists of 13 successive nearly identical repeats, each containing 86 amino acids. bap was present in a small fraction of bovine mastitis isolates (5% of the 350S. aureus isolates tested), but it was absent from the 75 clinical human S. aureus isolates analyzed. All staphylococcal isolates harboring bap were highly adherent and strong biofilm producers. In a mouse infection modelbap was involved in pathogenesis, causing a persistent infection.Publication Open Access Base genética del tropismo de lentivirus de pequeños rumiantes y estudio de la resistencia innata por APOBEC3(2015) Glaría Ezquer, Idoia; Reina Arias, Ramsés; Andrés Cara, Damián de; Producción Agraria; Nekazaritza EkoizpenaLos lentivirus de pequeños rumiantes (SRLV), que incluyen al virus Visna/Maedi (VMV) y al de la artritis encefalitis caprina (CAEV), infectan ovejas y cabras distribuidas por todo el mundo causando un cuadro multisistémico que afecta articulaciones, pulmones, glándula mamaria y sistema nervioso central. Las pérdidas derivadas de la infección van desde el aumento en la tasa de reposición, a un descenso en las producciones animales o en el valor comercial del rebaño. Aunque la enfermedad causada por los SRLV es de carácter lento y generalmente afecta a pulmones y glándula mamaria en nuestro país, se han descrito brotes epidemiológicos causantes de artritis y encefalitis en ovinos que afectan un gran número de animales, causando pérdidas directas. En la actualidad existen 5 genotipos descritos (A‐E) que presentan una alta variabilidad genética y biológica. Los genotipos A y B a los que pertenecen las estirpes clásicas de VMV y CAEV respectivamente, están distribuidos mundialmente, mientras que los genotipos C y E están restringidos a zonas geográficas concretas. En ausencia de tratamientos o vacunas totalmente protectoras, las medidas de control se basan en la detección temprana de animales infectados y su posterior eliminación del rebaño. Tras la infección, los animales infectados desarrollan una respuesta de anticuerpos que, si bien no es capaz de eliminar el virus, es indicadora de la infección. Así, empleando métodos de detección serológica podemos diagnosticar la infección indirectamente. Los métodos más eficaces hasta el momento son los ELISAs basados en proteínas recombinantes y péptidos sintéticos. Sin embargo, los métodos disponibles en el comercio están diseñados teniendo en cuenta una única estirpe viral, que sumado a la alta variabilidad antigénica de los SRLV, hace que las medidas disponibles fallen a la hora de controlar todo el espectro antigénico presente. La organización genómica de los lentivirus está bastante conservada entre los miembros del género. Así, a los genes estructurales gag, pol y env encargados de codificar proteínas de la cápside, proteínas para la replicación del material genético e integración y las proteínas de la envoltura, respectivamente, hay que sumarles los accesorios vpr, rev y vif en el caso de los SRLV, todos ellos flanqueados por el regulador de la transcripción viral, la región LTR. En la patogénesis de las enfermedades lentivirales es esencial conocer las interacciones entre el virus y el hospedador que determinan el tropismo y el desarrollo de los síntomas. Los factores virales incluyen las proteínas de la envoltura, encargadas de unirse al receptor celular y la región LTR encargada de regular la actividad transcripcional. Los factores del hospedador son más diversos ya que pueden incluir todo el fondo genético de una raza o una población determinada capaz de restringir la replicación viral de manera efectiva. Uno de los pasos clave en el establecimiento de la infección es la superación de las barreras de la inmunidad innata, que reconocen directamente determinantes virales e inducen la eliminación del patógeno mediante factores de restricción como APOBEC3. La caracterización genética y virológica de las estirpes implicadas en los brotes epidemiológicos de artritis y encefalitis, puede aportar hallazgos esenciales en el conocimiento de la relación entre la secuencia genética de los aislados y la capacidad para establecer la infección en un tejido determinado. Por otro lado, componentes de la inmunidad innata del hospedador capaces de inhibir la replicación viral pueden ser también determinantes del tropismo. Por todo ello en esta tesis nos planteamos los siguientes estudios: a) Aislamiento y caracterización genética de estirpes implicadas en el brote artrítico. b) Aislamiento y caracterización genética de estirpes implicadas en el brote de encefalitis. c) Caracterización de la restricción de los SRLV por APOBEC3.Publication Open Access Basidiomycetes telomeres: a bioinformatics approach(InTechOpen, 2011) Ramírez Nasto, Lucía; Pérez Garrido, María Gumersinda; Castanera Andrés, Raúl; Santoyo Santos, Francisco; Pisabarro de Lucas, Gerardo; Producción Agraria; Nekazaritza Ekoizpena; Gobierno de Navarra / Nafarroako Gobernua; Universidad Pública de Navarra / Nafarroako Unibertsitate PublikoaThe bioinformatics analysis described in this paper allowed us to establish the type and the number of the telomere repeat unit in the basidiomycetes analyzed, to suggest the putative linkage groups in fungi where linkage maps are not available, to uncover misassembled telomere regions, and to reveal the preference for some gene models to be located at the subtelomeric regions and to uncover synteny among the subtelomere regions in the basidiomycetes analyzed.Publication Open Access Biofuncionalización de nanoestructuras para aplicación en sistemas de detección(2017) Ciáurriz Gortari, Paula; Fernández Santos, Fátima; Solano Goñi, Cristina; Producción Agraria; Nekazaritza Ekoizpena; Gobierno de Navarra / Nafarroako GobernuaLa presente tesis doctoral, enmarcada en el campo de nanobiotecnología, presenta el desarrollo de diversas estrategias de biofuncionalización de nanoestructuras con diferentes propiedades con el fin de ser aplicadas en sistemas de detección tipo inmunoensayos e inmunosensores. Este trabajo se aborda desde dos perspectivas: biofuncionalización de (i) nanopartículas y (ii) superficies nanoestructuradas. La primera parte se centra en la evaluación de diversos factores en las características y funcionalidad de conjugados de nanopartículas de oro (AuNPs) y carbono (CNPs) con enzimas y/o anticuerpos. Se comparan las estrategias de unión covalente y adsorción mediante la conjugación de la enzima hierro superóxido dismutasa (FeSOD) a AuNPs a través de un brazo de unión. Se observa que la unión covalente resulta algo más favorable en cuanto a cobertura y actividad enzimática, además de mayor estabilidad frente a variaciones de fuerza iónica y pH del medio, si bien la reproducibilidad de ambas estrategias es algo reducida. Asimismo, se muestra que es posible manipular la disposición de las enzimas secuenciales glucosa oxidasa (GOx) y peroxidasa (HRP) sobre CNPs mediante la modificación del orden de incubación y las proporciones proteína:CNP, lo que afecta a la actividad del complejo. Se comprueba que la GOx presenta mayor afinidad por las CNPs, si bien su actividad se ve afectada, al contrario que la HRP, cuya eficiencia catalítica aumenta tras la unión a CNPs. Por otra parte, se comparan diferentes metodologías de biofuncionalización de AuNPs con anticuerpos y la enzima HRP, adsorción directa, covalente o covalente orientada, con el fin de comparar su potencial para mejorar la sensibilidad del inmunoensayo ELISA. La unión por adsorción proporciona una mayor capacidad de amplificación, consiguiendo un aumento en la sensibilidad en la detección del alérgeno gliadina de seis veces mediante ELISA indirecto. La segunda parte presenta la caracterización de un novedoso biosensor óptico basado en nanoestructuras periódicas de pilares resonantes (RNP) formados por multicapas de SiO2/Si3N4. Se describe el desarrollo del proceso de biofuncionalización de estos materiales dispuestos en nanopilares, aplicando diferentes estrategias de activación, silanización y unión covalente de biomoléculas, llegando a un protocolo de biofuncionalización estable y reproducible. Asimismo, se desarrolla un protocolo para la detección de la interacción antígeno-anticuerpo empleando el modelo IgG-anti-IgG y un formato directo, demostrando la capacidad de los RNP como sensores a tiempo real (real time) y en ausencia de marcadores (label-free). Además, es posible regenerar esta interacción, permitiendo la re-utilización de la superficie. Este procedimiento es empleado para el desarrollo de métodos de medida para la detección de analitos de bajo peso molecular (ácido ocadaico y bifenilo policlorado 169) en el rango de ng/ml aplicando un formato competitivo.Publication Open Access Biología de plásmidos y dinámica génica en el complejo Pseudomonas syringae(2017) Añorga García, Maite; Murillo Martínez, Jesús; Bardají Goikoetxea, Leire; Producción Agraria; Nekazaritza EkoizpenaLa mayoría de las cepas de Pseudomonas syringae posee uno o más plásmidos nativos tipo PFP, que suelen albergar genes adaptativos y que facilitan el intercambio de los mismos entre poblaciones bacterianas. P. syringae pv. savastanoi NCPPB 3335 causa la tuberculosis del olivo (Olea europaea) y es un patógeno modelo para el estudio de la patogénesis bacteriana en plantas leñosas. Esta cepa contiene tres plásmidos PFP estables que han sido completamente secuenciados —pPsv48A, 80 kb; pPsv48B, 45 kb, y pPsv48C, 42 kb— y que portan varios posibles genes de virulencia. A pesar de la importancia de los plásmidos PFP en el ciclo de vida de P. syringae, todavía se desconocen muchos aspectos de su genética y biología, por lo que en esta Tesis nos hemos propuesto los siguientes objetivos: 1) identificación y caracterización funcional de un segundo origen de replicación presente en el plásmido nativo pPsv48C de Ps pv. savastanoi NCPPB 3335; 2) identificación de determinantes de mantenimiento presentes en los plásmidos de la cepa NCPPB 3335 y evaluación de su contribución al mantenimiento de dichos plásmidos, y 3) evaluación del papel del plásmido pPsv48C en la patogenicidad y virulencia de la cepa NCPPB 3335 en su interacción con su planta huésped, olivo. Hemos identificado un segundo replicón en pPsv48C, que es una quimera por compartir su región de control y promotor con el replicón no homólogo RepA-PFP. Hemos demostrado que este tipo de quimeras es frecuente en al menos cuatro familias de replicasas no homólogas de Pseudomonas, incluyendo bacterias patógenas de plantas, animales y humanos. Estos replicones constan de dos módulos funcionales e independientes correspondientes a las regiones de control (módulo REx-C), que actúa como determinante de incompatibilidad, y de replicación (módulo REx-R). Mediante ensayos funcionales, hemos determinado que los tres plásmidos de NCPPB 3335 utilizan diversas estrategias y mecanismos para aumentar su estabilidad. Así, la presencia de estos dos replicones, y especialmente del replicón RepJ, confiere una alta estabilidad a pPsv48C. Además, hemos documentado que los elementos repetitivos IS801 y MITEPsy2 generan frecuentes deleciones y reorganizaciones plasmídicas, cuya frecuencia se reduce por un factor entre 3 y 50 debido a la acción de tres sistemas toxina-antitoxina codificados en pPsv48A y otros tres codificados en pPsv48C. Asimismo, estos sistemas reducen en dos órdenes de magnitud la frecuencia de pérdida espontánea del plásmido pPsv48A y contribuyen al mantenimiento de los genes de virulencia ptz (en pPsv48A) e idi (en pPsv48C). Mediante inactivación funcional de los sistemas de mantenimiento de pPsv48C, hemos obtenido un derivado de NCPPB 3335 curado de sus tres plásmidos nativos (cepa UPN912), que no produce tumores en olivo. Mediante inoculaciones con esta cepa y con mutantes específicos hemos demostrado que el gen idi —que codifica una posible isopentenil difosfato isomersa y éstá probablemente implicado en la biosíntesis de citoquininas— es esencial para la producción de tumores de tamaño silvestre tanto en plantas micropropagadas como en olivos lignificados. En conjunto, nuestros resultados indican que la cepa NCPPB 3335 contiene tres plásmidos nativos de virulencia, que están expuestos a frecuentes eventos de reorganización genética cuyo efecto se ve contrarrestado por la existencia de múltiples determinantes plasmídicos de estabilidad, que a la vez contribuyen a disminuir la pérdida espontánea de los plásmidos y al mantenimiento de genes de virulencia durante el ciclo de vida de la bacteria.Publication Open Access Biotechnological development of a new bioinsecticide based on a Helicoverpa armigera nucleopolyhedrovirus from Spain(2015) Arrizubieta Celaya, Maite; Caballero Murillo, Primitivo; Simón de Goñi, Oihane; Producción Agraria; Nekazaritza EkoizpenaEl taladro del tomate, Helicoverpa armigera (Hübner) (Lepidoptera: Noctuidae), es una de las principales plagas polífagas de la Península Ibérica. El nucleopoliedrovirus simple de H. armigera (HearSNPV) es un método eficaz para el control de dicha especie. En esta tesis, se evaluó la diversidad genotípica de dos aislados españoles del HearSNPV con el objetivo de seleccionar una mezcla de genotipos con mejores características insecticidas. La caracterización biológica reveló que la mezcla co-ocluida de dos genotipos (HearSP1B:LB6), en proporción 1:1, presenta propiedades insecticidas mejoradas, por lo que fue seleccionada como materia activa de un nuevo bioinsecticida. Con el objetivo de detectar los cambios genéticos responsables de estas diferencias en el fenotipo, se realizó la secuenciación completa del genoma de 5 genotipos. Las mayores diferencias entre todos estos genotipos se localizan en las hrs y en los genes bro. Además, se identificaron mutaciones puntuales en genes implicados en la replicación del ADN, la transcripción viral, o genes estructurales, que podrían ser responsables de la reducida producción de OBs de los genotipos de HearSP1 o el aumento de la patogenicidad de HearSP1B. También, se identificaron diversas mutaciones localizadas en los genes iap-2, iap-3 y hoar que podrían estar relacionadas con la estrategia de transmisión o con la capacidad para establecer infecciones encubiertas en el insecto huésped. Con el objetivo de ampliar el espectro de huéspedes de HearSNPV se aplicó la tecnología de co-oclusión de baculovirus para obtener muestras de OBs en las que se encontrasen co-envueltos HearSNPV y HearMNPV, para obtener una mezcla con las características insecticidas deseables de HearSNPV y el amplio espectro de huéspedes de HearMNPV. Cuando larvas de H. armigera fueron infectadas primero con HearMNPV y 12 o 24 horas más tarde con HearSNPV, los genomas de ambos se co-ocluyeron en los OBs en la misma proporción (1:1). Sin embargo, la mezcla co-envuelta no presentó mejores características fenotípicas, pero aumentó el espectro de huéspedes de HearSNPV, ya que este virus fue capaz de entrar e infectar a especies no susceptibles como S. frugiperda y M. brassicae. Con el fin de optimizar las condiciones para la producción masiva del virus, se evaluó el efecto de varios factores sobre la producción de cuerpos de oclusión (OBs). Los resultados obtenidos mostraron que la mayor producción de OBs se consigue inoculando larvas L5 recién mudadas con la CL80, e incubando las larvas individualizadas a 30ºC. La eficacia y la persistencia en campo de un formulado sencillo del nuevo bioinsecticida se compararon con las de varios insecticidas comerciales en cultivos de tomate en invernadero y en campo abierto. Dicho formulado protegió al cultivo con una eficacia similar a la de los insecticidas comerciales Dursban®, Turex® y Spintor®. En cambio, su persistencia fue mayor que la de los insecticidas comerciales, aunque las diferencias fueron más notables en los cultivos de invernadero. Toda esta información ha sido objeto de una solicitud de patente (P201430956), y constituye la base para el desarrollo de un nuevo bioinsecticida. Este nuevo bioinsecticida es una herramienta muy útil para el establecimiento de una agricultura sostenible en los cultivos de tomate en la Península Ibérica, ya que puede ser incluido en programas de Manejo Integrado de Plagas.Publication Open Access Calibración y evaluación de dos métodos no destructivos de estimación de la producción en praderas polífitas con Lolium sp.(Sociedad Española para el Estudio de los Pastos, 2012) Sáez Istilart, José Luis; Vergara Hernández, Iosu; Canals Tresserras, Rosa María; Producción Agraria; Nekazaritza EkoizpenaEn esta comunicación se expone el trabajo realizado para calibrar y evaluar dos métodos de estimación indirecta de la materia seca presente en praderas polífitas de Lolium sp. La comparativa metodológica se realizó entre un herbómetro por capacitancia y un medidor de altura de la cubierta vegetal por señal láser. Los mejores modelos de predicción se obtuvieron con el herbómetro de capacitancia, con R2 que oscilaron entre 0,579 y 0,798, dependiendo de las variables ambientales incluidas en el modelo, del número de muestras, y del criterio de inclusión de variables en el modelo. La altura de la vegetación medida con la señal láser no intervino como variable independiente en ninguno de los mejores modelos de predicción obtenidos.Publication Open Access Calidad de la canal y de la carne caballar de raza Burguete(Asociación Interprofesional para el Desarrollo Agrario, 2001) Sarriés Martínez, María Victoria; Larrea Reta, Izaskun; Induráin Báñez, Gregorio; Goñi Turumbay, Virginia; Eguinoa Ancho, Paola; Gorraiz, C.; Martín, M.; Alzueta Aldunate, María Jesús; Beriain Apesteguía, María José; Pérez de Muniáin, A.; Producción Agraria; Nekazaritza EkoizpenaLa raza caballar Burguete es una raza autóctona de Navarra que en el pasado disfrutó de gran prestigio como animal de trabajo en la Comunidad Foral y zonas limítrofes. Hoy en día por su clara aptitud cárnica es importante mantener dicho patrimonio genético y mejorar los productos obtenidos para la promoción de esta raza estableciendo criterios de tipificación (Pérez de Muniáin et al, 2000). Se trata de un producto poco conocido en el mercado de la carne, aunque en la actualidad está despertando interés debido a sus reconocidas cualidades nutritivas (producto natural y sano) como consecuencia del bajo contenido en grasa. El objetivo del presente trabajo ha sido la caracterización de la canal y de la carne caballar de raza Burguete.Publication Open Access Caracterización de la distribución del tamaño de los adipocitos para el estudio del tejido adiposo en producción animal(Asociación Interprofesional para el Desarrollo Agrario, 2016) Alfonso Ruiz, Leopoldo; Mendizábal Aizpuru, José Antonio; Producción Agraria; Nekazaritza EkoizpenaEl tamaño de los adipocitos, principales células constituyentes del tejido adiposo, ha sido objeto de numerosos estudios por el hecho de estar relacionado con el grado de desarrollo y la actividad metabólica de ese tejido. Su análisis resulta en ocasiones complejo dada la bimodalidad de su distribución. Este trabajo presenta un método de análisis basado en contrastar, en primer lugar la unimodalidad de la distribución del tamaño de los adipocitos, frente a una distribución bimodal. Posteriormente propone algunos parámetros para describir adecuadamente la distribución bimodal. Para su aplicación se desarrolló un sencillo programa informático que se utiliza, a modo de ejemplo, para analizar los datos de dos trabajos, previamente publicados, sobre el desarrollo adipocitario. Los resultados muestran el interés de utilizar contrastes de bimodalidad frente a la mera inspección visual de los histogramas de distribución. Además, cuando la hipótesis de unimodalidad es rechazada, la utilización de parámetros descriptivos de bimodalidad, como el porcentaje de adipocitos por encima del punto de inflexión entre ambas modas, permite una comparación más adecuada entre tratamientos experimentales.Publication Open Access Caracterización de las 'Costillas de Palo' de cordero de raza Navarra. I. Composición tisular(Universidad Cardenal Herrera-CEU. Fundación Universitaria San Pablo-CEU, 2002) Mendizábal Aizpuru, José Antonio; Alzón, M.; Arana Navarro, Ana; Eguinoa Ancho, Paola; Delfa, R.; Beriain Apesteguía, María José; Purroy Unanua, Antonio; Producción Agraria; Nekazaritza EkoizpenaSe ha estudiado la composición tisular de 46 costillas de palo (10ª y 11ª) procedentes de 23 corderos de raza Navarra sacrificados con 24,2±1,55Kg. de peso vivo y 98±6,3d de edad. El peso medio de la costilla fue de 78,4±10,82g, de los que el porcentaje de músculo supuso el 48,5±4,16%, el de grasa 29,3±4,78% y el de hueso 15,0±3,19%, respectivamente. El músculo Longissimus dorsi, que presentó un área media de 9,6±1,34cm2, supuso el 52,4±6,30% del músculo total de la costilla. El componente óseo se distribuyó en un 41,8% en la costilla y el 58,2% en la vertebra. La grasa subcutánea supuso el 50,1% de la grasa total diseccionada, correspondiendo el 49,9% restante a la intermuscular. Por último, se midió la grasa intramuscular o de veteado que presentaba el músculo Longissimus dorsi, ocupando dicha grasa un 2,5±0,98% de la superficie de dicho músculo. El número medio de vetas de grasa en cada costilla fue de 5,6±1,92 y el tamaño medio de éstas de 4,5±1,74mm2.Publication Open Access Caracterización de las 'Costillas de Palo' de cordero de raza Navarra. II. Composición en ácidos grasos(Universidad Cardenal Herrera-CEU. Fundación Universitaria San Pablo-CEU, 2002) Beriain Apesteguía, María José; Horcada, Alberto; Gorraiz Olangua, María Cristina; Eguinoa Ancho, Paola; Induráin Báñez, Gregorio; Arana Navarro, Ana; Purroy Unanua, Antonio; Mendizábal Aizpuru, José Antonio; Producción Agraria; Nekazaritza EkoizpenaSe ha estudiado la composición en ácidos grasos de la grasa intramuscular y subcutánea de las costillas de palo de 23 corderos ternascos de raza Navarra. La grasa intramuscular presentó un 58,9% de ácidos grasos insaturados (AGI) y un 40,8% de ácidos grasos saturados (AGS). Los AGI mayoritarios fueron el oleico (C 18:1), el linoleico (C 18:2) y el araquidónico (C 20:4) que supusieron un 38,6, 7,3 y 8,5% respectivamente del total de ácidos grasos. Entre los AGS los mayoritarios fueron el palmítico (C 16:0) y el esteárico (C 18:0), los cuales supusieron un 29,7 y 13,7% respectivamente. La grasa subcutánea mostró un mayor contenido en AGS que la grasa intramuscular (47,7 vs 40,8%). Estas diferencias se reflejaron en la relación entre ácidos grasos poliinsaturados y saturados (AGP/AGS) que fue de 0,1 para la grasa subcutánea y de 0,5 para la grasa intramuscular.